Package: dazzdb (1.0+git20240115.be65e59-1 and others)

gestione dei dati di letture di sequenziamento di nucleotidi

Per facilitare le fasi multiple dell'assemblatore dazzler, tutti i dati delle letture sono organizzati in ciò che a tutti gli effetti è un database delle letture e delle loro meta-informazioni. Gli obiettivi del progetto di questo database sono i seguenti:

 * il database memorizza le informazioni sulle letture Pacbio sorgenti in
   maniera tale che possa ricreare i dati di input originali, permettendo
   perciò a un utente di rimuovere i file sorgenti (effettivamente
   ridondanti); ciò permette di evitare di duplicare gli stessi dati, una
   volta nel file sorgente e una volta nel database;
 * il database può essere costruito in maniera incrementale, cioè nuovi
   dati sulle sequenze possono essere aggiunti al database nel tempo;
 * il database permette in maniera flessibile di memorizzare qualsiasi
   metadato desiderato per le letture; ciò è realizzato con il concetto
   delle *tracce* che gli implementatori possono aggiungere quando ne hanno
   bisogno;
 * i dati sono tenuti in una forma compressa equivalente ai file .dexta e
   .dexqv del modulo di estrazione dati; sia le informazioni .fasta sia
   .quiva per ogni lettura sono tenute nel database e possono essere
   ricreate a partire da esso; le informazioni .quiva possono essere
   aggiunte separatamente e successivamente se lo si desidera;
 * per facilitare lavori paralleli e operazioni su cluster delle fasi
   dell'assemblatore, il database ha un concetto di *partizionamento
   corrente* in cui tutte le letture che sono sopra una data lunghezza e
   opzionalmente uniche per un pozzetto, sono divise in *blocchi*
   contenenti approssimativamente un dato numero di basi, eccetto
   eventualmente l'ultimo blocco che può avere un conteggio ridotto;
   spesso i programmi possono essere eseguiti su blocchi o coppie di
   blocchi e ognuno di tali lavori è ragionevolmente ben bilanciato dal
   momento che i blocchi sono tutti della stessa dimensione; è necessario
   essere cauti nel cambiare la partizione durante un assemblaggio perché
   ciò potrebbe annullare la validità strutturale di qualsiasi risultato
   parziale basato sui blocchi.

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