Package: libncbi-vdb-dev (2.9.3+dfsg-2)

librerie per usare dati in archivi di letture di sequenze INSDC (sviluppo)

Molti dei dati forniti al giorno d'oggi, per esempio nei formati BAM, export.txt di Illumina e Complete Genomics, contengono informazioni di allineamento. Con i dati allineati, NCBI usa Compression by Reference, che memorizza solo le differenze nelle coppie di basi tra i dati della sequenza e il segmento a cui si allinea. Il processo per ripristinare i dati originali, per esempio come FastQ, richiede un accesso veloce alle sequenze di riferimento alle quali i dati originali sono stati allineati. NCBI raccomanda che gli utenti di SRA dedichino dello spazio sul disco locale per memorizzare i riferimenti scaricati dal sito NCBI SRA. Nell'autunno del 2014, la raccolta completa di tali riferimenti era di 66 GB. Mentre solitamente non è necessario scaricare la totalità delle sequenze di riferimento, ciò dovrebbe dare un'idea della scala delle richieste di memorizzazione. In maniera predefinita, il Toolkit scaricherà le sequenze di riferimento su richiesta e le manterrà in una cache nella directory home dell'utente. La posizione di questa cache è configurabile, e anche se lo scaricamento sia automatico o manuale.

Questo è il pacchetto di sviluppo.

Tags: Software Development: Libraries, Role: Development Library

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