Package: cct-examples (20170919+dfsg-1)

dati di esempio per testare il pacchetto cct

CGView Comparison Tool (CCT) è un pacchetto per confrontare visivamente sequenze di interesse di batteri, plasmidi, cloroplasti o mitocondri con genomi esistenti o raccolte di sequenze. I confronti sono effettuati usando BLAST e i risultati di BLAST sono presentati sotto forma di mappe grafiche che possono anche mostrare caratteristiche delle sequenze, nomi di geni e proteine, assegnazioni di categorie COG e caratteristiche della composizione delle sequenze. CCT può generare mappe in una varietà di dimensioni, incluse mappe da 400 Megapixel adatte per poster. I confronti possono essere effettuati all'interno di una particolare specie o genere, o possono essere usati tutti i genomi disponibili. L'intero procedimento di creazione della mappa, dallo scaricamento delle sequenze al ridisegno delle mappe ingrandite, può essere completato facilmente usando gli script inclusi con CCT. Funzionalità definite dall'utente o i risultati dell'analisi possono essere inclusi nelle mappe, e le mappe possono essere ampiamente personalizzate. Per semplificare la configurazione del programma, è disponibile una macchina virtuale CCT che include tutte le dipendenze preinstallate. Nella documentazione di CCT sono inclusi dei tutorial dettagliati che illustrano l'uso di CCT.

Questo pacchetto fornisce i dati che possono essere usati come esempio. Sono gli stessi dati usati in autopkgtest.

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