Package: phyml (3:3.3.20180621-2)

stime filogenetiche usando il metodo della massima verosimiglianza

PhyML è un software che stima alberi filogenetici con il metodo della massima verosimiglianza a partire da allineamenti nucleotidici o di sequenze aminoacidiche. Fornisce una vasta gamma di opzioni che sono state progettate per facilitare le analisi filogenetiche standard. Il punto di forza di PhyML è nel gran numero di modelli di sostituzione associati a varie opzioni per cercare nello spazio delle topologie degli alberi filogenetici, a partire da metodi molto veloci ed efficienti, fino ad arrivare ad approcci più lenti ma generalmente più accurati. Implementa anche due metodi per valutare la forza dei rami in una solida infrastruttura statistica (il metodo bootstrap non parametrico e il test di verosimiglianza approssimata).

PhyML è stato progettato per elaborare insiemi di dati di dimensioni medie o grandi. In teoria, possono essere analizzati allineamenti con fino a 4.000 sequenze di 2.000.000 di caratteri. In pratica, tuttavia, la quantità di memoria necessaria per elaborare un insieme di dati è proporzionale al numero delle sequenze moltiplicato per la loro lunghezza. Perciò si possono elaborare un gran numero di sequenze solo se esse sono corte. Inoltre PhyML può gestire lunghe sequenze a patto che non siano numerose. Con la maggior parte dei personal computer standard, si può stare tranquilli con circa da 3 a 500 sequenze più corte di 2.000 caratteri.

Questo pacchetto include anche PhyTime.

Tags: Biology: Proteins, Field: Biology, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c, User Interface: Command Line, Role: role::program, use::analysing, Purpose: Comparing, Works with: Biological Sequence

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