Package: tophat-recondition (1.4-3)

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post-processore per letture di TopHat non mappate

tophat-recondition è un post-processore per letture di TopHat non mappate (contenute in unmapped.bam), che le rende compatibili con strumenti a valle (es. la suite Picard, samtools, GATK) (TopHat difetto #17). Aggira anche i bug in TopHat:

 * l'indicatore di SAM "mate is unmapped" non è impostato in nessuna
   lettura nel file unmapped.bam (TopHat difetto #3)
 * il mapped mate di una lettura non mappata può essere assente da
   accepted_hits.bam, creando una non corrispondenza tra il file e gli
   indicatori della lettura non mappata (TopHat difetto #16)

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dep: python3

linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione python3 predefinita)

sug: tophat2

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