[ Source: ragout ]
Package: ragout (2.3-2 and others)
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- Homepage [github.com]
Similar packages:
Reference-Assisted Genome Ordering UTility
Ragout (Reference-Assisted Genome Ordering UTility) è uno strumento per creare scaffold a livello di cromosoma che usa riferimenti multipli. Dati dei frammenti iniziali di assemblamento (contig/scaffold) e uno o più riferimenti correlati (completi o bozze), produce un assemblato su scala di cromosoma (come insieme di scaffold).
L'approccio è basato sull'analisi di riarrangiamenti genomici (come inversioni o traslocazioni cromosomiche) tra i genomi di input e sulla ricostruzione della struttura più parsimoniosa del genoma obiettivo.
Ragout ora gestisce genomi sia piccoli sia grandi (di scala e complessità dei Mammiferi). L'assemblaggio di genomi altamente polimorfici è attualmente limitato.
Other Packages Related to ragout
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- dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]
- Libreria C GNU: librerie condivise
also a virtual package provided by libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]
- dep: libc6 (>= 2.4) [not amd64, arm64, ppc64el]
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- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf, i386, mipsel]
- libreria di supporto a GCC
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
- dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]
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- dep: libstdc++6 (>= 5.2) [armel, armhf]
- libreria GNU Standard C++, versione 3
- dep: libstdc++6 (>= 9) [not armel, armhf]
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- dep: python3
- linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione python3 predefinita)
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- dep: python3-networkx (>= 2.2)
- strumento per creare, manipolare e studiare reti complesse (Python 3)
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- rec: sibelia
- strumento per genomica comparativa
Download ragout
| Architecture | Version | Package Size | Installed Size | Files |
|---|---|---|---|---|
| amd64 | 2.3-2+b1 | 2,074.3 kB | 9,683.0 kB | [list of files] |
| arm64 | 2.3-2+b1 | 2,068.8 kB | 9,655.0 kB | [list of files] |
| armel | 2.3-2+b1 | 2,069.2 kB | 9,649.0 kB | [list of files] |
| armhf | 2.3-2+b1 | 2,068.4 kB | 9,613.0 kB | [list of files] |
| i386 | 2.3-2+b1 | 2,085.8 kB | 9,689.0 kB | [list of files] |
| mips64el | 2.3-2+b1 | 2,079.0 kB | 9,721.0 kB | [list of files] |
| mipsel | 2.3-2+b1 | 2,079.0 kB | 9,718.0 kB | [list of files] |
| ppc64el | 2.3-2+b1 | 2,084.3 kB | 9,823.0 kB | [list of files] |
| s390x | 2.3-2+b1 | 2,071.4 kB | 9,687.0 kB | [list of files] |