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Package: autodock (4.2.6-8)

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analisi dei legami dei ligandi alla struttura di una proteina

AutoDock è un rappresentante di spicco dei programmi che si occupano della simulazione dell'aggancio di ligandi chimici piuttosto piccoli a recettori proteici piuttosto grandi. Le versioni precedenti avevano tutta la flessibilità nei ligandi, mentre la proteina era mantenuta piuttosto rigida. Questa ultima versione 4 permette anche la flessibilità di catene laterali selezionate di residui superficiali, cioè tiene in considerazione i rotameri.

Il programma AutoDock esegue l'aggancio del ligando ad una serie di griglie che descrivono la proteina bersaglio. AutoGrid pre-calcola queste griglie.

Tags: Field: Biology, Structural Biology, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::analysing, works-with-format::TODO, Works with: 3D Model, Need an extra tag

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