all options
buster  ] [  bullseye  ] [  bookworm  ] [  trixie  ] [  sid  ]
[ Source: mapsembler2  ]

Package: mapsembler2 (2.2.4+dfsg1-3)

Links for mapsembler2

Screenshot

Debian Resources:

Download Source Package mapsembler2:

Maintainers:

External Resources:

Similar packages:

software per assemblaggio pensato per la bioinformatica

Mapsembler2 è un software di assemblaggio pensato per la bioinformatica. Accetta in input un insieme di letture grezze NGS (fasta o fastQ, compresse con gzip o meno) e un insieme di sequenze di input (starter).

Come prima cosa determina se ogni starter è coerente a livello di letture, ad esempio se le letture confermano la presenza di ciascun starter nella sequenza originale. Poi, per ogni starter coerente con le letture, Mapsembler2 produce in output le sue sequenze vicine come sequenza lineare o come grafo, a seconda della scelta dell'utente.

Mapsempler2 può essere usato per (ma non è limitato a questo):

 - validare una sequenza assemblata (data in input come starter), per
   esempio da un assemblato con grafo di de Bruijn in cui non è stata
   imposta la coerenza con le letture;
 - controlla se un gene (dato in input come starter) ha un omologo in un
   insieme di letture;
 - controlla se un enzima conosciuto è presente in un insieme di letture
   NGS metagenomico;
 - arricchisce letture non mappabili estendendole, rendendole
   eventualmente mappabili;
 - controlla cosa accade alle estremità di un contig;
 - rimuove contaminanti o letture simbionti da un insieme di letture.

Other Packages Related to mapsembler2

  • depends
  • recommends
  • suggests
  • enhances

Download mapsembler2

Download for all available architectures
Architecture Package Size Installed Size Files
amd64 707.2 kB1,282.0 kB [list of files]
arm64 685.2 kB1,246.0 kB [list of files]
ppc64el 722.1 kB1,570.0 kB [list of files]
s390x 683.0 kB1,306.0 kB [list of files]