Package: ivar (1.3+dfsg-1)

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funzioni largamente utili per sequenziamento di virus basato su ampliconi

iVar è un pacchetto di calcolo che contiene funzioni largamente utili per sequenziamento di virus basato su ampliconi. Strumenti aggiuntivi per sequenziamento metagenomico stanno venendo attivamente incorporati in iVar. Sebbene ognuna di queste funzioni possa essere effettuata usando strumenti esistenti, iVar contiene un'intersezione di funzionalità da strumenti multipli che sono necessarie per identificare iSNV e sequenze di consenso da dati di sequenziamento virale su replicati multipli. iVar fornisce le seguenti funzioni:

 1. ritaglio di primer e basi di bassa qualità;
 2. identificazione di consenso;
 3. identificazione di varianti, sia iSNV sia inserzioni/delezioni e
 4. identificazione di corrispondenze errate a sequenze primer ed
    esclusione delle letture corrispondenti dai file di allineamento.

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dep: libc6 (>= 2.29)

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dep: libstdc++6 (>= 9)

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rec: samtools

elaborazioni di allineamenti di sequenze nei formati SAM, BAM e CRAM

Download ivar

Download for all available architectures
Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	202.9 kB	1,614.0 kB	[list of files]
arm64	191.3 kB	1,606.0 kB	[list of files]
i386	217.8 kB	1,617.0 kB	[list of files]
mips64el	266.0 kB	2,502.0 kB	[list of files]
mipsel	264.8 kB	2,392.0 kB	[list of files]