Package: mafft (7.475-1)

programma per allineamenti multipli per sequenze aminoacidiche o nucleotidiche

MAFFT è un programma per l'allineamento di sequenze multiple che offre tre metodi orientati all'accuratezza:

  * L-INS-i (probabilmente il più accurato; raccomandato per meno di 200
    sequenze; metodo di raffinamento con iterazioni che incorpora
    informazioni sull'allineamento locale di coppie);
  * G-INS-i (adatto per sequenze di lunghezza simile; raccomandato per
    meno di 200 sequenze; metodo di raffinamento con iterazioni che
    incorpora informazioni sull'allineamento globale di coppie);
  * E-INS-i (adatto per sequenze contenenti grandi regioni non
    allineabili; raccomandato per meno di 200 sequenze);

  * FFT-NS-i (metodo di raffinamento con iterazioni; solo due cicli);
  * FFT-NS-i (metodo di raffinamento con iterazioni; massimo 1000
    iterazioni);
  * FFT-NS-2 (veloce; metodo progressivo);
  * FFT-NS-1 (molto veloce; raccomandato per più di 2000 sequenze;
    metodo progressivo con un albero guida grezzo);
  * NW-NS-PartTree-1 (raccomandato per ~50.000 sequenze; metodo
    progressivo con l'algoritmo PartTree).

Tags: Biology: Clustal/ALN, Proteins, Field: field::biology, field::biology:bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::comparing, works-with-format::plaintext, Works with: Biological Sequence

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