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Package: e-mem (1.0.1-4)

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calcolo efficiente di Maximal Exact Match per genomi molto grandi

E-MEM permette il calcolo efficiente di Maximal Exact Match (MEM) che non usa indici a tutto testo. L'algoritmo usa molto meno spazio ed è estremamente adatto alla parallelizzazione. Può calcolare tutti i MEM di lunghezza minima 100 tra i genomi completi dell'uomo e del topo su una macchina con 12 core in 10 minuti e 2 GB di memoria; la memoria richiesta può essere appena di 600 MB. Può funzionare in maniera efficiente su genomi di qualunque dimensione. Sono forniti ampi test e confronti con i migliori algoritmi di oggi.

Mummer ha molti script differenti nei quali uno dei programmi chiave è il calcolo dei MEM. In tutti gli script, il programma per il calcolo dei MEM può essere sostituito facilmente con e-mem per migliori prestazioni.

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