Package: bowtie2 (2.4.2-2 and others)

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Maintainers:

External Resources:

Homepage [bowtie-bio.sourceforge.net]

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allineatore di letture brevi ultraveloce ed efficiente

Uno strumento ultraveloce che usa la memoria in maniera efficiente per allineare letture di sequenziamento a sequenze lunghe di riferimento. È particolarmente adatto per allineare letture da circa 50 fino a centinaia o migliaia di caratteri e particolarmente adatto per allineare a genomi relativamente lunghi (es. mammiferi).

Bowtie 2 indicizza il genoma con un indice FM per mantenere bassa l'impronta di memoria: per il genoma umano, la sua impronta di memoria è tipicamente intorno a 3,2 GB. Bowtie 2 gestisce le modalità di allineamento con gap, locali e a estremità accoppiate.

Tags: Biology: Nucleic Acids, Field: Biology, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, User Interface: Command Line, Role: role::program, use::comparing, Works with: Biological Sequence

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sug: bowtie2-examples

esempi per bowtie2

Download bowtie2

Download for all available architectures
Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	2.4.2-2+b3	1,310.9 kB	5,305.0 kB	[list of files]
arm64	2.4.2-2+b3	1,234.3 kB	4,591.0 kB	[list of files]
mips64el	2.4.2-2+b2	1,294.0 kB	5,573.0 kB	[list of files]
ppc64el	2.4.2-2+b3	1,386.5 kB	5,563.0 kB	[list of files]