Package: pdb2pqr (2.1.1+dfsg-7+deb11u1)

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Similar packages:

preparazione di strutture di proteine per calcoli elettrostatici

PDB2PQR è un pacchetto software Python che automatizza molti dei compiti comuni nella preparazione di strutture per calcoli elettrostatici in continuo. Per questo fornisce un'utilità indipendente dalla piattaforma per convertire file di proteine in formato PDB al formato PQR. Questi compiti includono:

 * aggiungere un numero limitato di atomi pesanti mancanti a strutture
   biomolecolari;
 * determinare i pKa di catene laterali;
 * posizionare idrogeni mancanti;
 * ottimizzare la proteina per legami idrogeno favorevoli;
 * assegnare parametri di carica e raggio da una varietà di campi di forza.

Questo pacchetto include anche PropKa, uno strumento per modificare lo stato di protonazione di strutture proteiche nel formato PDB (Protein Data Bank) per corrispondere ad un determinato valore di pKa. Può anche essere usato per rifinire strutture NMR che spesso hanno valori di pKa inaccurati per alcuni residui.

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risolutore adattivo di Poisson-Boltzmann

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