Package: spades (3.15.5+dfsg-2)

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Homepage [cab.spbu.ru]

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assemblatore di genomi per singola-cellula e insiemi di dati di isolati

L'assemblatore di genomi SPAdes - St. Petersburg è pensato per assemblaggi di isolati standard e di MDA batterici da singola cellula. Funziona con letture Illumina o IonTorrent ed è in grado di fornire assemblati ibridi usando letture PacBio e Sanger. Si possono anche fornire contigui aggiuntivi che verranno usati come letture lunghe.

Questo pacchetto fornisce le seguenti catene di elaborazione aggiuntive:

 * metaSPAdes – catena per insiemi di dati metagenomici
 * plasmidSPAdes – catena per estrarre e assemblare plasmidi da insiemi
   di dati WGS
 * metaplasmidSPAdes – catena per estrarre e assemblare plasmidi da
   insiemi di dati metagenomici
 * rnaSPAdes – assemblatore de novo di trascrittomi da dati RNA-Seq
 * truSPAdes – modulo per assemblamento di barcode TruSeq
 * biosyntheticSPAdes – modulo per assemblamento di cluster di geni
   per biosintesi con letture a estremità accoppiate

SPAdes fornisce diversi binari autonomi con un'interfaccia a riga di comando relativamente semplice: conteggio di k-meri (spades-kmercounter), costruzione di grafi di assemblamento (spades-gbuilder) e allineatore da letture lunghe a grafo (spades-gmapper).

Tags: Biology: Nucleic Acids, Field: Biology, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Implemented in: Python, User Interface: interface::commandline, role::program, Scope: Utility, Works with: works-with::biological-sequence, works-with::file

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Libreria C GNU: librerie condivise
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dep: libgcc-s1 (>= 4.0)

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dep: libgomp1 (>= 6)

libreria di supporto GOMP (GCC OpenMP)
dep: libnlopt0 (>= 2.6.1)

libreria di ottimizzazione non lineare
dep: libssw0 (>= 1.1)

fast SIMD parallelized implementation of the Smith-Waterman algorithm
dep: libstdc++6 (>= 12)

libreria GNU Standard C++, versione 3
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interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
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pacchetto distutils per Python 3.x
dep: python3-joblib

tools to provide lightweight pipelining in Python
dep: python3-yaml

analizzatore ed emettitore YAML per Python 3
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elaborazioni di allineamenti di sequenze nei formati SAM, BAM e CRAM
dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

libreria di compressione - runtime

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