Package: atropos (1.1.31+dfsg-3 and others)

strumento per taglio di letture NGS che è specifico, sensibile e veloce

Atropos è uno strumento per taglio di letture NGS specifico, sensibile e veloce. È un fork del venerando strumento per taglio di letture Cutadapt, con questi principali miglioramenti:

  1. supporto per multi-thread, inclusa una modalità "scrittura parallela"
     estremamente veloce;
  2. implementazione di un nuovo algoritmo di taglio basato su allineamento
     di inserimenti per letture corte che è sostanzialmente più sensibile e
     specifico dell'algoritmo originale di Cutadapt basato su allineamenti
     di adattatori; questo algoritmo può anche correggere le non
     corrispondenze tra le porzioni sovrapposte delle letture;
  3. opzioni per tagliare tipi specifici di dati (miRNA, bisulfite-seq);
  4. un nuovo comando ("detect") che rileverà sequenze di adattatori e
     altri potenziali contaminanti;
  5. un nuovo comando ("error") che stimerà il tasso di errore di
     sequenziamento, che aiuta a selezionare i valori appropriati di taglio
     per adattatori e qualità;
  6. un nuovo comando ("qc") che genera statistiche di lettura simili a
     FastQC; anche il comando trim può calcolare statistiche sia prima, sia
     dopo il taglio (usando l'opzione "--stats");
  7. rapporti riassuntivi migliorati, incluso il supporto per formati di
     serializzazione (JSON, YAML, pickle), il supporto per modelli definiti
     dall'utente (tramite la dipendenza opzionale da Jinja2) e
     l'integrazione con MultiQC;
  8. l'abilità di fondere letture sovrapposte (questo è sperimentale e la
     funzionalità è limitata);
  9. l'abilità di scrivere rapporti riassuntivi e messaggi di registro su
     file separati;
 10. l'abilità di leggere file SAM/BAM e leggere/scrivere file FASTQ
     interlacciati;
 11. taglio diretto di letture da accessioni SRA;
 12. una barra di avanzamento e altri minori miglioramenti di usabilità.

This page is also available in the following languages (How to set the default document language):