[ Source: simka ]
Package: simkamin (1.5.3-7)
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Similar packages:
metodo metagenomico comparativo approssimato dedicato a insiemi di dati NGS
Simka è uno strumento metagenomico comparativo de novo. Simka rappresenta ciascun insieme di dati come spettro di k-meri e calcola svariate distanze ecologiche classiche tra essi.
La differenza rispetto a Simka sta nel fatto che SimkaMin produce in output risultati approssimati (ma molto simili) sottocampionando lo spazio dei k-meri. Con questa strategia e con i parametri predefiniti, SimkaMin è di un ordine di grandezza più veloce, usa 10 volte meno memoria e 70 volte meno disco di Simka.
Other Packages Related to simkamin
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- dep: python3
- interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
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| all | 31.5 kB | 385.0 kB | [list of files] |