Package: libquicktree-dev (2.5-5)

algoritmo di unione dei vicini per filogenie (sviluppo)

QuickTree è un'implementazione efficiente dell'algoritmo Neighbor-Joining (PMID: 3447015), capace di ricostruire filogenie da enormi allineamenti in un tempo inferiore all'età dell'universo.

QuickTree accetta come input sia una matrice di distanze, sia un allineamento di sequenze multiple. Il primo deve essere in formato PHYLIP. L'ultimo in formato Stockholm, che è il formato di allineamento nativo del database Pfam. Allineamenti in vari formati possono essere convertiti nel formato Stockholm con il programma sreformat, che fa parte del pacchetto HMMer (hmmer.org).

Gli alberi sono scritti su stdout nel formato Newick/New-Hampshire usato da PHYLIP e molti altri programmi.

Questo pacchetto contiene alcuni file header da quicktree che sono usati da altri pacchetti.

Tags: Software Development: Libraries, Role: Development Library

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