Package: maffilter-examples (1.3.1+dfsg-4)

elabora allineamenti di genoma in Multiple Alignment Format (dati d'esempio)

MafFilter applica una serie di "filtri" a un file MAF per ripulirlo, estrarre dati e calcolare statistiche tenendo traccia dei metadati associati come coordinate del genoma e punteggi di qualità.

 * Può elaborare l'allineamento per rimuovere regioni con bassa qualità /
   ambigue / mascherate.
 * Può esportare i dati in un file di allineamenti multipli o singoli in
   formati come Fasta o Clustal.
 * Può leggere i dati delle annotazioni nel formato GFF o GTF ed estrarre
   l'allineamento corrispondente.
 * Può eseguire calcoli con finestre mobili.
 * Può ricostruire filogenie/genealogie insieme all'allineamento del
   genoma.
 * Può calcolare statistiche genetiche sulla popolazione come spettro di
   frequenza dei siti, numero di siti fissi/polimorfici, ecc.

Questo pacchetto fornisce dati d'esempio per maffilter.

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