Package: hhsuite (3.3.0+ds-7 and others)
Links for hhsuite
Debian Resources:
Download Source Package hhsuite:
Maintainers:
- Debian Med Packaging Team (QA Page, Mail Archive)
- Laszlo Kajan (QA Page)
- Andreas Tille (QA Page)
- Sascha Steinbiss (QA Page)
External Resources:
- Homepage [toolkit.tuebingen.mpg.de]
Similar packages:
ricerca sensibile di sequenze di proteine basata su allineamenti HMM-HMM
HH-suite è un pacchetto software open-source per la ricerca sensibile di sequenze di proteine basato su allineamenti a coppie di modelli di Markov nascosti (HMM).
Questo pacchetto contiene, tra gli altri programmi e utilità, HHsearch e HHblits.
HHsearch accetta in input un allineamento di sequenze multiple (MSA) o un profilo HMM e cerca in un database di HMM (es. PDB, Pfam o InterPro) proteine omologhe. HHsearch è spesso usato per predizione di strutture di proteine, per rilevare modelli omologhi e per creare allineamenti a coppie interrogazione-modello altamente accurati per la modellazione di omologie.
HHblits può creare MSA di alta qualità a partire da sequenze singole o da MSA. Può trasformarle in una interrogazione HMM e, usando una strategia di ricerca iterativa, aggiunge sequenze significativamente simili dalla ricerca precedente al HMM di interrogazione aggiornato per la successiva iterazione di ricerca. In confronto a PSI-BLAST, HHblits è più veloce, fino a due volte più sensibile e produce allineamenti più accurati.
Other Packages Related to hhsuite
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- dep: hhsuite-data (= 3.3.0+ds-7)
- ricerca sensibile di sequenze di proteine basata su allineamenti HMM-HMM (dati)
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- dep: libc6 (>= 2.34)
- Libreria C GNU: librerie condivise
also a virtual package provided by libc6-udeb
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- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf, ppc64el]
- libreria di supporto a GCC
- dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64el]
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
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- dep: libgomp1 (>= 6)
- libreria di supporto GOMP (GCC OpenMP)
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- dep: libstdc++6 (>= 11)
- libreria GNU Standard C++, versione 3
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- dep: perl
- "Practical Extraction and Report Language" di Larry Wall
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- dep: python3
- interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
Download hhsuite
| Architecture | Version | Package Size | Installed Size | Files |
|---|---|---|---|---|
| amd64 | 3.3.0+ds-7+b2 | 53,731.8 kB | 463,608.0 kB | [list of files] |
| arm64 | 3.3.0+ds-7+b2 | 10,128.8 kB | 77,559.0 kB | [list of files] |
| armel | 3.3.0+ds-7+b2 | 10,126.1 kB | 77,258.0 kB | [list of files] |
| armhf | 3.3.0+ds-7+b2 | 10,098.7 kB | 75,382.0 kB | [list of files] |
| i386 | 3.3.0+ds-7+b2 | 72,245.8 kB | 622,859.0 kB | [list of files] |
| mips64el | 3.3.0+ds-7+b2 | 10,104.0 kB | 79,801.0 kB | [list of files] |
| mipsel | 3.3.0+ds-7+b2 | 10,126.4 kB | 79,781.0 kB | [list of files] |
| ppc64el | 3.3.0+ds-7+b2 | 10,315.4 kB | 79,735.0 kB | [list of files] |