Package: clonalframeml (1.12-3)

efficiente inferenza di ricombinazione in genomi interi di batteri

ClonalFrameML è un pacchetto software che esegue un'efficiente inferenza di ricombinazione in genomi di batteri. ClonalFrameML è stato creato da Xavier Didelot e Daniel Wilson. ClonalFrameML può essere applicato a qualsiasi tipo di dati di sequenze allineate, ma è specialmente orientato all'analisi di sequenze di genomi interi. È in grado di confrontare centinaia di genomi interi nell'arco di ore su un normale computer da ufficio. Ci sono tre output principali da un'esecuzione di ClonalFrameML: una filogenia con lunghezze dei rami corrette per tenere conto della ricombinazione, una stima dei parametri chiave del processo di ricombinazione e una mappa genomica di dove la ricombinazione è avvenuta per ogni ramo della filogenia.

ClonalFrameML è un'implementazione di massima verosimiglianza del software bayesiano ClonalFrame che è stato precedentemente descritto da Didelot e Falush (2007). Il modello di ricombinazione alla base di ClonalFrameML è esattamente lo stesso di ClonalFrame, ma questa nuova implementazione è molto più veloce, è in grado di affrontare insiemi di dati genomici molto più grandi e non soffre dei problemi di convergenza di MCMC.

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