Package: toppred (1.10-10)

predizione della topologia transmembrana

Toppred è un programma per determinare la topologia di una proteina transmembrana basandosi sull'algoritmo di G. von Heijne.

Ciascuna sequenza dai dati di sequenziamento in formato fasta è elaborata e toppred genera il profilo Hydrophobycity della sequenza e i corrispondenti valori di idrofobicità nel file sequence-ID.hydro.

Inoltre, le topologie predette sono rappresentate come immagini PNG. Ciascuna topologia è memorizzata nel file sequence-ID-number.png.

Il profilo di idrofobicità è calcolato usando una finestra formata da una finestra centrale rettangolare di dimensione n, affiancata da 2 finestre triangolari di dimensione q. N.B.: rettangolare e triangolare indicano che i valori di ponderazione all'interno di tali finestre sono rispettivamente costanti e variabili.

Questo programma è una nuova implementazione del programma toppred originale, basato sull'algoritmo di G. von Heijne.

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