Paquet : bifrost (1.3.1-1)

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Paquets similaires :

parallel construction, indexing and querying of de Bruijn graphs

Bifrost is a command-line tool for sequencing that features a broad range of functions, such as indexing, editing, and querying the graph, and includes a graph coloring method that maps each k-mer of the graph to the genomes it occurs in.

 * Build, index, color and query the compacted de Bruijn graph
 * No need to build the uncompacted de Bruijn graph
 * Reads or assembled genomes as input
 * Output graph in GFA (can be visualized with Bandage), FASTA or binary
 * Graph cleaning: short tip clipping, etc.
 * Multi-threaded
 * No parameters to estimate with other tools
 * Exact or approximate k-mer search of queries

Autres paquets associés à bifrost

dépendances

recommandations

suggestions

enhances

dep: libbifrost0 (>= 1.3.1)

library for parallel construction, indexing and querying of de Bruijn graphs
dep: libc6 (>= 2.34) [non alpha, ia64]

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [non alpha, ia64, riscv64, sparc64]

bibliothèque de prise en charge de GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [sparc64]
dep: libstdc++6 (>= 13.1)

bibliothèque standard C++ de GNU v3
dep: libunwind8 [ia64]

bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

Bibliothèque de compression - binaires

Télécharger bifrost

Télécharger pour toutes les architectures proposées
Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	481,4 ko	1 305,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	500,0 ko	1 222,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	470,1 ko	1 173,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	563,5 ko	1 966,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	462,5 ko	1 326,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	504,8 ko	1 366,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	510,8 ko	1 366,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	505,7 ko	1 006,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	510,2 ko	1 273,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	468,5 ko	1 311,0 ko	[liste des fichiers]