[ Paquet source : gubbins ]
Paquet : gubbins (3.3.5-1 et autres)
Liens pour gubbins
Ressources Debian :
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- Developer Information
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- Suivis des correctifs pour Debian
Télécharger le paquet source gubbins :
Responsables :
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- Andreas Tille (Page QA)
- Étienne Mollier (Page QA)
Ressources externes :
- Page d'accueil [sanger-pathogens.github.io]
Paquets similaires :
phylogenetic analysis of genome sequences
Gubbins supports rapid phylogenetic analysis of large samples of recombinant bacterial whole genome sequences.
Gubbins (Genealogies Unbiased By recomBinations In Nucleotide Sequences) is an algorithm that iteratively identifies loci containing elevated densities of base substitutions while concurrently constructing a phylogeny based on the putative point mutations outside of these regions. Simulations demonstrate the algorithm generates highly accurate reconstructions under realistic models of short-term bacterial evolution, and can be run in only a few hours on alignments of hundreds of bacterial genome sequences.
Autres paquets associés à gubbins
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- dep: fasttree [non amd64, i386]
- arbres phylogénétiques à partir d'alignements de nucléotides ou des séquences de protéines
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- dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]
- bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.29) [m68k, ppc64]
- dep: libc6 (>= 2.34) [amd64, i386]
-
- dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]
- bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb
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- dep: python3
- langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3
-
- dep: python3-biopython
- bibliothèque de Python 3 pour la bio-informatique
-
- dep: python3-dendropy
- DendroPy Phylogenetic Computing Library (Python 3)
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- dep: python3-multiprocess [amd64, i386]
- better multiprocessing and multithreading in Python
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- dep: python3-nose [non amd64, i386]
- test discovery and running for Python3 unittest
-
- dep: python3-numpy [amd64, i386]
- gestion rapide des tableaux pour le langage Python – Python 3
-
- dep: python3-reportlab [non amd64, i386]
- bibliothèque ReportLab pour créer des documents PDF en utilisant Python3
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- dep: python3-scipy [amd64, i386]
- outils scientifiques pour Python 3
-
- dep: raxml
- ressemblance maximale accélérée aléatoire d'arbres phylogénétiques
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- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)
- Bibliothèque de compression - binaires
-
- rec: fasttree
- arbres phylogénétiques à partir d'alignements de nucléotides ou des séquences de protéines
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- rec: iqtree
- logiciel phylogénétique de maximum de vraisemblance
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- sug: r-base-core
- noyau de GNU R, un système de calculs statistiques et de graphiques
Télécharger gubbins
| Architecture | Version | Taille du paquet | Espace occupé une fois installé | Fichiers |
|---|---|---|---|---|
| alpha (portage non officiel) | 2.3.5-1 | 53,5 ko | 201,0 ko | [liste des fichiers] |
| amd64 | 3.3.5-1 | 89,7 ko | 473,0 ko | [liste des fichiers] |
| i386 | 3.3.5-1 | 90,7 ko | 476,0 ko | [liste des fichiers] |
| m68k (portage non officiel) | 2.3.5-1 | 46,0 ko | 174,0 ko | [liste des fichiers] |
| ppc64 (portage non officiel) | 2.3.5-1 | 55,4 ko | 312,0 ko | [liste des fichiers] |
| riscv64 (portage non officiel) | 2.3.5-1 | 48,1 ko | 168,0 ko | [liste des fichiers] |