Paquet : gubbins (2.4.1-4)

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Paquets similaires :

phylogenetic analysis of genome sequences

Gubbins supports rapid phylogenetic analysis of large samples of recombinant bacterial whole genome sequences.

Gubbins (Genealogies Unbiased By recomBinations In Nucleotide Sequences) is an algorithm that iteratively identifies loci containing elevated densities of base substitutions while concurrently constructing a phylogeny based on the putative point mutations outside of these regions. Simulations demonstrate the algorithm generates highly accurate reconstructions under realistic models of short-term bacterial evolution, and can be run in only a few hours on alignments of hundreds of bacterial genome sequences.

Autres paquets associés à gubbins

dépendances

recommandations

suggestions

enhances

dep: libc6 (>= 2.29)

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
dep: python3

langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3
dep: python3-biopython

Python3 library for bioinformatics
dep: python3-dendropy

DendroPy Phylogenetic Computing Library (Python 3)
dep: raxml

ressemblance maximale accélérée aléatoire d'arbres phylogénétiques
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

Bibliothèque de compression - binaires

rec: fasttree

arbres phylogénétiques à partir d'alignements de nucléotides ou des séquences de protéines
rec: iqtree

logiciel phylogénétique de maximum de vraisemblance

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	56,9 ko	239,0 ko	[liste des fichiers]
i386	58,0 ko	238,0 ko	[liste des fichiers]