Paquet : canu (2.2+dfsg-5 et autres)

Liens pour canu

Ressources Debian :

Télécharger le paquet source canu :

Responsable :

Debian Med Packaging Team (Page QA, Archive du courrier électronique)

Ressources externes :

Page d'accueil [canu.readthedocs.org]

Paquets similaires :

assembleur de séquences de molécules simples pour les génomes

Canu est un fork de Celera Assembler, conçu pour le séquençage fortement bruité de molécules simples (comme PacBio RS II ou Oxford Nanopore MinION).

Canu est un processus d'assemblage hiérarchique fonctionnant en quatre étapes :

 – détection des chevauchements dans les séquences très bruitées grâce à
   MHAP ;
 – génération du consensus de séquence corrigé ;
 – élagage des séquences corrigées ;
 – assemblage des séquences corrigées élaguées.

Autres paquets associés à canu

dépendances

recommandations

suggestions

enhances

dep: gnuplot [alpha, m68k, sh4]

programme de tracé interactif en ligne de commande
un paquet virtuel est également fourni par gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11
dep: gnuplot-nox [non alpha, m68k, sh4]

programme de tracé interactif en ligne de commande - paquet sans X11
un paquet virtuel est également fourni par gnuplot-qt, gnuplot-x11

ou gnuplot

programme de tracé interactif en ligne de commande
un paquet virtuel est également fourni par gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11
dep: libc6 (>= 2.29) [m68k]

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.32) [sh4]

dep: libc6 (>= 2.34) [non alpha, ia64, m68k, sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
dep: libfilesys-df-perl

Module to obtain filesystem disk space information
dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha]

bibliothèque de prise en charge de GCC

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [non alpha, m68k, sparc64]

dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [sparc64]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

bibliothèque de prise en charge de GCC
dep: libgomp1 (>= 6)

bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)
dep: libsnappy1v5 (>= 1.1.10) [non alpha, m68k, sh4, sparc64]

bibliothèque de compression et décompression rapide

dep: libsnappy1v5 (>= 1.1.8) [sparc64]
dep: libstdc++6 (>= 11)

bibliothèque standard C++ de GNU v3
dep: libunwind8 [ia64]

bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable
dep: mhap

locality-sensitive hashing to detect long-read overlaps
dep: perl

langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall

sug: nanopolish

identification de consensus pour les données de séquençage par nanopore
sug: pbgenomicconsensus [alpha, m68k, sh4]

Paquet indisponible

Télécharger canu

Télécharger pour toutes les architectures proposées
Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	2.0+dfsg-2	1 228,8 ko	10 538,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	2.2+dfsg-5	1 379,8 ko	13 027,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	2.2+dfsg-5	1 272,2 ko	13 789,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	2.2+dfsg-5	1 553,6 ko	23 779,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	2.0+dfsg-2	1 280,7 ko	9 544,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	2.2+dfsg-5	1 566,0 ko	17 652,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	2.2+dfsg-5	1 419,2 ko	17 724,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	2.2+dfsg-5	1 410,8 ko	16 873,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	2.2+dfsg-5+b1	1 862,0 ko	15 534,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	2.2+dfsg-5	1 340,9 ko	13 853,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	2.0+dfsg-2	1 230,0 ko	8 637,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	2.2+dfsg-5	1 507,0 ko	50 253,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	2.2+dfsg-5	1 386,5 ko	12 548,0 ko	[liste des fichiers]