Paquet : bowtie2 (2.5.3-1 et autres)

Liens pour bowtie2

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Responsables :

Ressources externes :

Page d'accueil [bowtie-bio.sourceforge.net]

Paquets similaires :

aligneur ultra-rapide de lectures courtes avec une faible empreinte mémoire

Ce paquet est un outil à faible empreinte mémoire et ultra-rapide pour l'alignement de lectures de séquençage à séquences longues de référence. Il est particulièrement performant pour l'alignement de lectures d'environ 50 symboles et jusqu'à des centaines ou des milliers de symboles, et particulièrement performant pour l'alignement de génomes relativement longs (par exemple, le génome de mammifères).

Bowtie 2 indexe le génome avec un FM-index pour garder une faible empreinte mémoire : pour le génome humain, son empreinte en mémoire vive est typiquement d'environ 3,2 Go. Bowtie 2 gère les modes d'alignement écarté, local, et par paire.

Étiquettes: Biologie: Acides nucléiques, Domaine: Biologie, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Interface utilisateur: Ligne de commande, Rôle: role::program, use::comparing, Fonctionne avec: Séquence biologique

Autres paquets associés à bowtie2

dépendances

recommandations

suggestions

enhances

dep: libc6 (>= 2.29) [m68k]

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.31) [sh4]

dep: libc6 (>= 2.33) [ppc64, sparc64]

dep: libc6 (>= 2.34) [amd64, arm64, mips64el, ppc64el, riscv64]
dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [non amd64, ia64, m68k, sh4]

bibliothèque de prise en charge de GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [amd64]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, sh4]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

bibliothèque de prise en charge de GCC
dep: libstdc++6 (>= 11) [ppc64, sparc64]

bibliothèque standard C++ de GNU v3

dep: libstdc++6 (>= 13.1) [non m68k, ppc64, sh4, sparc64]

dep: libstdc++6 (>= 9) [m68k, sh4]
dep: libunwind8 [ia64]

bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable
dep: perl

langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall
dep: python3

langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3
dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

Bibliothèque de compression - binaires

sug: bowtie2-examples

exemples pour bowtie2

Télécharger bowtie2

Télécharger pour toutes les architectures proposées
Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	2.5.3-1	1 558,0 ko	6 098,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	2.5.3-1	1 404,0 ko	5 684,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	2.5.3-1	1 308,1 ko	5 062,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	2.5.1-1	2 341,5 ko	11 597,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	2.4.2-2+b1	1 202,1 ko	5 463,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	2.5.3-1	1 389,0 ko	6 186,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	2.4.5-1	1 346,4 ko	5 825,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	2.5.3-1	1 454,9 ko	5 960,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	2.5.3-1	1 597,8 ko	4 664,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	2.4.2-2+b1	1 683,6 ko	4 651,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	2.4.5-1	1 197,3 ko	5 155,0 ko	[liste des fichiers]