Paquet : r-bioc-shortread (1.62.0-1)

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GNU R classes and methods for high-throughput short-read sequencing data

This BioConductor module is a package for input, quality assessment, manipulation and output of high-throughput sequencing data. ShortRead is provided in the R and Bioconductor environments, allowing ready access to additional facilities for advanced statistical analysis, data transformation, visualization and integration with diverse genomic resources.

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enhances

dep: libc6 (>= 2.14)

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

bibliothèque de prise en charge de GCC
dep: libstdc++6 (>= 11)

bibliothèque standard C++ de GNU v3
dep: r-api-4.0

paquet virtuel fourni par r-base-core
dep: r-api-bioc-3.19

paquet virtuel fourni par r-bioc-biocgenerics
dep: r-bioc-biobase (>= 2.64.0)

fonctions de base pour Bioconductor
dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.50.0)

generic functions for Bioconductor
dep: r-bioc-biocparallel (>= 1.38.0)

BioConductor facilities for parallel evaluation
dep: r-bioc-biostrings (>= 2.72.1)

GNU R string objects representing biological sequences
dep: r-bioc-genomeinfodb (>= 1.40.1)

BioConductor utilities for manipulating chromosome identifiers
dep: r-bioc-genomicalignments (>= 1.40.0)

BioConductor representation and manipulation of short genomic alignments
dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.56.1)

BioConductor representation and manipulation of genomic intervals
dep: r-bioc-iranges (>= 2.38.1)

conteneurs de bas niveau de GNU R de stockage de plages d’entiers
dep: r-bioc-pwalign (>= 1.0.0-2~0exp1)

Perform pairwise sequence alignments
dep: r-bioc-rhtslib (>= 3.0.0)

HTSlib high-throughput sequencing library as GNU R package
dep: r-bioc-rsamtools (>= 2.20.0)

importation de fichiers BAM, BCF et tabix pour GNU R
dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.42.1)

BioConductor S4 implementation of vectors and lists
dep: r-bioc-xvector (>= 0.44.0)

BioConductor representation and manpulation of external sequences
dep: r-bioc-zlibbioc (>= 1.50.0)

(Virtual) zlibbioc Bioconductor package
dep: r-cran-hwriter

éditeur HTML – production d’objets de R au format HTML
dep: r-cran-lattice

paquet GNU R pour les graphes « Trellis »
dep: r-cran-latticeextra

paquet de GNU R d’affichages graphiques supplémentaires basés sur les treillis
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

Bibliothèque de compression - binaires

sug: r-bioc-biocstyle (>= 2.32.1)

standard styles for vignettes and other Bioconductor documents
sug: r-bioc-biomart (>= 2.60.1)

interface de GNU R aux bases de données BioMart (Ensembl, COSMIC, Wormbase et Gramene)
sug: r-bioc-genomicfeatures (>= 1.56.0)

GNU R tools for making and manipulating transcript centric annotations
sug: r-cran-knitr

GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming
sug: r-cran-runit

paquet de GNU R fournissant un cadriciel de tests unitaires

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	5 095,4 ko	8 206,0 ko	[liste des fichiers]