Paquet : r-bioc-genomicranges (1.58.0+dfsg-1)

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Paquets similaires :

Paquet « expérimental »

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BioConductor representation and manipulation of genomic intervals

The ability to efficiently store genomic annotations and alignments is playing a central role when it comes to analyze high-throughput sequencing data (a.k.a. NGS data). The package defines general purpose containers for storing genomic intervals as well as more specialized containers for storing alignments against a reference genome.

Autres paquets associés à r-bioc-genomicranges

dépendances

recommandations

suggestions

enhances

dep: libc6 (>= 2.4)

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
dep: r-api-4.0

Paquet indisponible
dep: r-api-bioc-3.20

paquet virtuel fourni par r-bioc-biocgenerics
dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.37.0)

generic functions for Bioconductor
dep: r-bioc-genomeinfodb (>= 1.15.2)

BioConductor utilities for manipulating chromosome identifiers
dep: r-bioc-iranges (>= 2.37.1)

conteneurs de bas niveau de GNU R de stockage de plages d’entiers
dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.27.12)

BioConductor S4 implementation of vectors and lists
dep: r-bioc-xvector (>= 0.29.2)

BioConductor representation and manpulation of external sequences

sug: r-bioc-annotate

annotations de BioConductor pour les puces à ADN
sug: r-bioc-annotationdbi

GNU R Annotation Database Interface pour BioConductor
sug: r-bioc-annotationhub

client GNU R pour accéder aux ressources d'AnnotationHub
sug: r-bioc-biobase

fonctions de base pour Bioconductor
sug: r-bioc-biocstyle

standard styles for vignettes and other Bioconductor documents
sug: r-bioc-biostrings (>= 2.25.3)

GNU R string objects representing biological sequences
sug: r-bioc-bsgenome

infrastructure de BioConductor pour les paquets de données de génome basés sur Biostrings
sug: r-bioc-deseq2

R package for RNA-Seq Differential Expression Analysis
sug: r-bioc-dexseq

GNU R inference of differential exon usage in RNA-Seq
sug: r-bioc-edger

analyse empirique de données numériques d’expressions de gène avec R
sug: r-bioc-genomicalignments

BioConductor representation and manipulation of short genomic alignments
sug: r-bioc-genomicfeatures

GNU R tools for making and manipulating transcript centric annotations
sug: r-bioc-gviz

Plotting data and annotation information along genomic coordinates
sug: r-bioc-keggrest

GNU R client-side REST access to KEGG
sug: r-bioc-rsamtools (>= 1.13.53)

importation de fichiers BAM, BCF et tabix pour GNU R
sug: r-bioc-rtracklayer

GNU R interface to genome browsers and their annotation tracks
sug: r-bioc-summarizedexperiment (>= 0.1.5)

BioConductor assay container
sug: r-bioc-txdbmaker

Tools for making TxDb objects from genomic annotations
sug: r-bioc-variantannotation

BioConductor annotation of genetic variants
sug: r-cran-digest

GNU R package for 'hash digest' of R data structures
sug: r-cran-knitr

GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming
sug: r-cran-matrix

paquet de GNU R de classes pour les matrices denses et creuses
sug: r-cran-rmarkdown

convert R markdown documents into a variety of formats
sug: r-cran-runit

paquet de GNU R fournissant un cadriciel de tests unitaires

Télécharger r-bioc-genomicranges

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
mips64el	2 042,6 ko	2 957,0 ko	[liste des fichiers]