Paquet : metaphlan2-data (2.6.0+ds-4)

paquet de données pour l’analyse phylogénétique métagénomique

MetaPhlAn est un outil de calcul pour caractériser la composition de communautés de microbes (bactéries, archées, eucaryotes et virus) à partir de données métagénomiques de séquençage shotgun avec une résolution au niveau des espèces. Depuis la version 2.0, MetaPhlAn est aussi capable d’identifier des souches spécifiques (dans le cas pas si fréquent où l’échantillon contient une souche précédemment séquencée) et de pister des souches à travers des échantillons de toutes les espèces.

MetaPhlAn 2.0 repose sur ~1 M de gènes marqueurs spécifiques uniques au clade (le fichier d’information de marqueurs peut être trouvé à src/utils/markers_info.txt.bz2 ou ici) identifiés à partir de ~17 000 génomes de référence (~13 500 bactéries et archées, ~3 500 virus et ~110 eucaryotes), autorisant :

 – des affectations taxinomiques non ambigües ;
 – une estimation précise de l’abondance relative des organismes ;
 – une résolution au niveau de l’espèce pour les bactéries, archées, eucaryotes
   et virus
 – une identification et un pistage des souches ;
 – des ordres de grandeur significatives d’accélérations comparées aux méthodes
   existantes ;
 – la génomique environnementale de population au niveau des souches.

Ce paquet fournit les données pour metaphlan2.

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