Paquet : atac (0~20150903+r2013-6)

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Responsables :

Ressources externes :

Page d'accueil [kmer.sourceforge.net]

Paquets similaires :

comparaison de génomes d'assemblage en assemblage

Atac calcule l'alignement par paires de grandes séquences d'ADN. Il trouve d'abord les k-mer uniques de chaque séquence, les enchaîne en des blocs plus grands puis remplit les espaces entre les blocs. Il a été écrit principalement pour transférer les annotations entre différents assemblages de génome humain.

La sortie est un ensemble de correspondances (« matches ») sans trou et un ensemble de « runs » avec des trous et formés à partir des correspondances. Chaque correspondance ou run associe une séquence avec l'autre séquence. L'association est unique dans le sens où il n'y a pas d'autre association (d'une certaine taille) pour chaque séquence. Ainsi, les longues répétitions et duplications sont absentes de la sortie : elles apparaissent en tant que régions non représentées.

Bien que la sortie soit toujours appairée, atac peut mettre les résultats intermédiaires en cache pour accélérer la comparaison de plusieurs séquences.

Ce paquet fait partie de la suite Kmer.

Autres paquets associés à atac

dépendances

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suggestions

enhances

dep: gnuplot

programme de tracé interactif en ligne de commande
un paquet virtuel est également fourni par gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11
dep: leaff

biological sequence library utilities and applications
dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]

dep: libc6 (>= 2.7) [armhf, i386]
dep: libfile-which-perl

Perl module for searching paths for executable programs
dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [amd64, arm64]

bibliothèque de prise en charge de GCC

dep: libgcc1 (>= 1:3.5) [armhf]

dep: libgcc1 (>= 1:4.2) [i386]
dep: libstdc++6 (>= 5.2)

bibliothèque standard C++ de GNU v3
dep: meryl

in- and out-of-core kmer counting and utilities
dep: perl

langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall
dep: python

langage interactif de haut niveau orienté objet (version Python2)
dep: python2.7

langage interactif de haut niveau orienté objet (version 2.7)

rec: kmer-examples

sample data for kmer suite of tools for DNA sequence analysis

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	379,3 ko	2 763,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	362,8 ko	2 547,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	361,8 ko	2 145,0 ko	[liste des fichiers]
i386	403,4 ko	3 001,0 ko	[liste des fichiers]