Пакет: atac (0~20150903+r2013-6)
Ссылки для atac
Ресурсы Debian:
- Сообщения об ошибках
- Developer Information
- Debian журнал изменений
- Файл авторских прав
- Отслеживание заплат Debian
Исходный код kmer:
- [kmer_0~20150903+r2013-6.dsc]
- [kmer_0~20150903+r2013.orig.tar.gz]
- [kmer_0~20150903+r2013-6.debian.tar.xz]
Сопровождающие:
Внешние ресурсы:
- Сайт [kmer.sourceforge.net]
Подобные пакеты:
genome assembly-to-assembly comparison
atac computes a one-to-one pairwise alignment of large DNA sequences. It first finds the unique k-mers in each sequence, chains them to larger blocks, and fills in spaces between blocks. It was written primarily to transfer annotations between different assemblies of the human genome.
The output is a set of ungapped 'matches', and a set of gapped 'runs' formed from the matches. Each match or run associates one sequence with the other sequence. The association is 'unique', in that there is no other (sizeable) associations for either sequence. Thus, large repeats and duplications are not present in the output - they appear as unmapped regions.
Though the output is always pairwise, atac can cache intermediate results to speed a comparisons of multiple sequences.
This package is part of the Kmer suite.
Другие пакеты, относящиеся к atac
|
|
|
|
-
- dep: gnuplot
- утилита для построения графиков с интерфейсом командной строки
также виртуальный пакет, предоставляемый gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11
-
- dep: leaff
- biological sequence library utilities and applications
-
- dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]
- библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]
- dep: libc6 (>= 2.7) [armhf, i386]
-
- dep: libfile-which-perl
- Perl module for searching paths for executable programs
-
- dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [amd64, arm64]
- вспомогательная библиотека GCC
- dep: libgcc1 (>= 1:3.5) [armhf]
- dep: libgcc1 (>= 1:4.2) [i386]
-
- dep: libstdc++6 (>= 5.2)
- стандартная библиотека GNU C++ версии 3
-
- dep: meryl
- in- and out-of-core kmer counting and utilities
-
- dep: perl
- практический язык Ларри Уолла для извлечения данных и составления отчётов
-
- dep: python
- интерактивный объектно-ориентированный язык высокого уровня (ветка 2.x)
-
- dep: python2.7
- интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия 2.7)
-
- rec: kmer-examples
- sample data for kmer suite of tools for DNA sequence analysis
Загрузка atac
| Архитектура | Размер пакета | В установленном виде | Файлы |
|---|---|---|---|
| amd64 | 379,3 Кб | 2 763,0 Кб | [список файлов] |
| arm64 | 362,8 Кб | 2 547,0 Кб | [список файлов] |
| armhf | 361,8 Кб | 2 145,0 Кб | [список файлов] |
| i386 | 403,4 Кб | 3 001,0 Кб | [список файлов] |