Paquet : quicktree (2.5-5)

algorithme Neighbor-Joining pour les phylogénies

QuickTree est une mise en œuvre efficace de l’algorithme Neighbor-Joining (PMID : 3447015), qui peut reconstruire des phylogénies à partir de grandes quantités d’alignements pour des temps inférieurs à l’âge de l’univers.

QuickTree accepte comme entrées des matrices de distance ou des alignements multiples de séquence. Les matrices doivent être au format PHYLIP. Les alignements doivent être au format Stockholm qui est le format natif d’alignement pour la base de données Pfam. Les alignements de formats différents peuvent être convertis au format Stockholm avec le programme sreformat qui fait partie du paquet HMMer (hmmer.org).

Les arbres sont écrits sur la sortie standard, au format Newick/New-Hampshire utilisé par PHYLIP et beaucoup d’autres programmes.

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