Paquet : cufflinks (2.2.1+dfsg.1-8 et autres) [non-free]

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Paquets similaires :

Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq

Cufflinks assembles transcripts, estimates their abundances, and tests for differential expression and regulation in RNA-Seq samples. It accepts aligned RNA-Seq reads and assembles the alignments into a parsimonious set of transcripts. Cufflinks then estimates the relative abundances of these transcripts based on how many reads support each one.

Étiquettes: Biologie: Acides nucléiques, Domaine: Biologie, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Rôle: Programme, Fonctionne avec: Séquence biologique

Autres paquets associés à cufflinks

dépendances

recommandations

suggestions

enhances

dep: libboost-serialization1.74.0 (>= 1.74.0)

bibliothèque de sérialisation pour C++
dep: libboost-thread1.74.0 (>= 1.74.0)

multitâche portable pour C++
dep: libc6 (>= 2.29)

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 4.2)

bibliothèque de prise en charge de GCC
dep: libstdc++6 (>= 5.2)

bibliothèque standard C++ de GNU v3
dep: python3

langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3
dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

Bibliothèque de compression - binaires

rec: gffread

GFF/GTF format conversions, region filtering, FASTA sequence extraction

enh: tophat

Paquet indisponible

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Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
ppc64el	2.2.1+dfsg.1-8+b1	1 549,2 ko	13 797,0 ko	[liste des fichiers]