[ Paquet source : bioperl-run ]
Paquet : bioperl-run (1.7.3-6)
Liens pour bioperl-run
Ressources Debian :
- Rapports de bogues
- Developer Information
- Journal des modifications Debian
- Fichier de licence
- Suivis des correctifs pour Debian
Télécharger le paquet source bioperl-run :
Responsables :
- Debian Med Packaging Team (Page QA, Archive du courrier électronique)
- Charles Plessy (Page QA)
- Andreas Tille (Page QA)
Ressources externes :
- Page d'accueil [metacpan.org]
Paquets similaires :
scripts d'enveloppe BioPerl
Ce paquet fournit des scripts du paquet BioPerl-Run. Il installe également toutes les applications enveloppables empaquetées dans Debian. Les applications non libres sont « suggérées » par ce paquet.
Autres paquets associés à bioperl-run
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- dep: bioperl (>= 1.7.4)
- outils en Perl pour la bio-informatique
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- dep: default-jdk-headless
- Standard Java or Java compatible Development Kit (headless)
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- dep: libbio-cluster-perl
- BioPerl cluster modules
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- dep: libbio-eutilities-perl
- interface BioPerl pour les Entrez Programming Utilities (E-utilities)
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- dep: libbio-featureio-perl
- Modules for reading, writing, and manipulating sequence features
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- dep: libbio-perl-run-perl (= 1.7.3-6)
- modules d'enveloppe BioPerl
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- dep: libbio-tools-run-alignment-clustalw-perl
- Bioperl interface to Clustal W
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- dep: libbio-tools-run-remoteblast-perl
- Object for remote execution of the NCBI Blast via HTTP
-
- dep: libtest-requiresinternet-perl
- module to easily test network connectivity
-
- dep: perl
- langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall
-
- rec: amap-align
- alignement multiple de séquences protéiques par appariement
-
- rec: bedtools
- suite d'utilitaires pour la comparaison des caractéristiques de génomes
-
- rec: bowtie
- aligneur ultra-rapide de lectures courtes avec une faible empreinte mémoire
-
- rec: bwa
- dispositif d'alignement Burrows-Wheeler
-
- rec: clustalw
- alignement de séquences de nucléotides ou de peptides
-
- rec: emboss
- ensemble de logiciels libres pour la biologie moléculaire européenne
-
- rec: exonerate
- outil générique pour la comparaison de deux séquences
-
- rec: hmmer
- profilage de modèles de Markov cachés pour la recherche de séquences
-
- rec: infernal
- inférence d’alignements structurels secondaires d’ARN
-
- rec: kalign
- Alignement séquentiel multiple global et progressif
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- rec: lagan
- alignement global de séquences génomiques par paire, hautement paramétrable
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- rec: mafft
- programme d'alignement multiple pour des séquences de nucléotides ou d'acides aminés
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- rec: maq
- correspondance de lectures de séquences d'ADN polymorphique de longueur courte à des séquences de référence
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- rec: muscle
- Programme d'alignements multiples de séquences de protéine
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- rec: ncbi-blast+-legacy
- script d’appel de legacy de BLAST du NCBI
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- rec: ncoils
- prédiction de structure secondaire de superhélice
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- rec: pal2nal
- converts proteins to genomic DNA alignment
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- rec: pftools
- construction et recherche de profils généralisés de protéine et d’ADN
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- rec: phylip
- paquet de programmes pour déduire les phylogénies
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- rec: phyml
- estimation phylogénétique utilisant la probabilité maximale
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- rec: primer3
- outil de choix d'amorces l'amplification d'ADN
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- rec: probalign
- alignement de séquences multiples en utilisant les probabilités à postériori de la fonction de partition
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- rec: probcons
- alignement de séquences multiples basé sur la cohérence probabiliste
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- rec: raxml
- ressemblance maximale accélérée aléatoire d'arbres phylogénétiques
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- rec: samtools
- traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM
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- rec: sim4
- Outil d'alignement d'ADNc et d'ADN génomique
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- rec: t-coffee
- alignement multiple de séquences
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- rec: tigr-glimmer
- Détection de gènes dans des archées et des bactéries
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- rec: wise
- comparaison de biopolymères, tels les séquences d'ADN et de protéines
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- sug: fasta3
- tools for searching collections of biological sequences
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- sug: gmap
- alignement d’épissage et tolérante sur les SNP pour les lectures courtes et mNRA
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- sug: trnascan-se
- detection of transfer RNA genes in genomic sequence
Télécharger bioperl-run
| Architecture | Taille du paquet | Espace occupé une fois installé | Fichiers |
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| all | 41,2 ko | 94,0 ko | [liste des fichiers] |