Paquet : spaln (2.4.1+dfsg-3)

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Paquets similaires :

alignement de transcriptions selon les épissures pour l’ADN génomique

Spaln (space-efficient spliced alignment) est un programme autonome qui cartographie et aligne un ensemble de séquences d’ADNc ou de protéines en une séquence générale en une seule passe. Il réalise aussi des alignements épissés ou ordinaires après une recherche rapide de similarité par rapport à une base de données de séquences de protéines si un segment génomique ou une séquence d’acides aminés est fourni en requête.

Spaln gère la combinaison de base de données de séquences de protéines et d’un segment génomique et réalise des recherches rapides de similarité et des alignements (semi)-globaux d’un ensemble de requêtes de séquences de protéines par rapport à une base de données de séquences de protéines. Spaln adopte une heuristique multiphase rendant le travail possible sur un ordinateur personnel conventionnel.

Autres paquets associés à spaln

dépendances

recommandations

suggestions

enhances

dep: libc6 (>= 2.29)

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.5)

bibliothèque de prise en charge de GCC
dep: libstdc++6 (>= 5)

bibliothèque standard C++ de GNU v3
dep: spaln-data

splicing-aware transcript-alignment to genomic DNA (data)
dep: zlib1g (>= 1:1.2.0.2)

Bibliothèque de compression - binaires

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armel	296,6 ko	781,0 ko	[liste des fichiers]