[ Source: stacks ]
Paketti: stacks (2.62+dfsg-1)
Links for stacks
Debian-palvelut:
Imuroi lähdekoodipaketti stacks:
Ylläpitäjät:
- Debian Med Packaging Team (Laadunvalvontasivu, Mail Archive)
- Tim Booth (Laadunvalvontasivu)
- Andreas Tille (Laadunvalvontasivu)
External Resources:
- Kotisivu [creskolab.uoregon.edu]
Samankaltaisia paketteja:
pipeline for building loci from short-read DNA sequences
Stacks is a software pipeline for building loci from short-read sequences, such as those generated on the Illumina platform. Stacks was developed to work with restriction enzyme-based data, such as RAD-seq, for the purpose of building genetic maps and conducting population genomics and phylogeography.
Note that this package installs Stacks such that all commands must be run as: $ stacks <cmdname> <args>
Muut pakettiin stacks liittyvät paketit
|
|
|
|
-
- dep: libc6 (>= 2.34)
- GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb
-
- dep: libdbi-perl
- Perl Database Interface (DBI)
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4)
- GCC:n apukirjasto
-
- dep: libgomp1 (>= 6)
- GCC OpenMP (GOMP) support library
-
- dep: libhts3 (>= 1.10)
- C library for high-throughput sequencing data formats
-
- dep: libstdc++6 (>= 11)
- GNU standardi C++ -kirjasto, versio 3
-
- dep: samtools
- processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats
-
- dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)
- pakkauskirjaston ajonaikaistiedostot
-
- rec: libspreadsheet-writeexcel-perl
- module to create Excel spreadsheets
-
- rec: littler
- GNU R scripting and command-line front-end -- transition package
myös näennäispaketti, jonka toteuttaa r-cran-littler
-
- rec: python3
- interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
Imuroi stacks
| Arkkitehtuuri | Paketin koko | Koko asennettuna | Tiedostot |
|---|---|---|---|
| ppc64el | 1,093.5 kt | 6,931.0 kt | [tiedostoluettelo] |