Paket: ltrsift (1.0.2-10 und andere)

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Quellcode-Paket ltrsift herunterladen:

Betreuer:

Externe Ressourcen:

Homepage [www.zbh.uni-hamburg.de]

Nachbearbeitung und Klassifikation von LTR-Retrotransposonen

LTRsift ist ein grafisches Werkzeug für die halbautomatische Nachbearbeitung von de-novo vorhergesagten Annotationen von LTR-Retrotransposonen, etwa bei den von LTRharvest und LTRdigest erstellten. Die benutzerfreundliche Oberfläche zeigt LTR-Retrotransposon-Kandidaten, deren mutmaßliche Familien und deren interne Struktur auf hierarchische Art an. Dadurch wird es dem Benutzer ermöglicht die teilweise großen Resultate der de-novo-Vorhersage-Software zu »durchsieben« (sift). Funktionen für anpassbares Filtern und Klassifizieren sind ebenso verfügbar.

Markierungen: Feld: Biologie, Bioinformatik, Implementiert in: implemented-in::c, interface::commandline, Benutzer-Schnittstellen: Graphical User Interface, interface::x11, role::program, Zweck: Hilfswerkzeug, GUI-Baukasten: GTK, Zweck: use::analysing, use::browsing, Vergleichen, Daten-Organisation, use::viewing, x11::application

Andere Pakete mit Bezug zu ltrsift

hängt ab von

empfiehlt

schlägt vor

erweitert

dep: libc6 (>= 2.34)

GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb
dep: libcairo2 (>= 1.2.4)

2D-Vektorgrafikbibliothek Cairo
dep: libgdk-pixbuf-2.0-0 (>= 2.22.0)

Bibliothek GDK-PixBuf
dep: libgenometools0t64 (>= 1.6.5+ds)

Vielseitige Bibliothek für Genomanalysen
dep: libglib2.0-0t64 (>= 2.75.3) [nicht arm64]

GLib - Bibliothek von C-Routinen

dep: libglib2.0-0t64 (>= 2.76.0) [arm64]
dep: libgtk2.0-0t64 (>= 2.18.0)

GTK - Bibliothek für grafische Benutzeroberflächen - alte Version
dep: libpango-1.0-0 (>= 1.14.0)

Gestaltung und Anzeige internationalisierten Textes

rec: last-align

Vergleich biologischer Sequenzen für Genome
rec: ncbi-blast+

next generation suite of BLAST sequence search tools

ltrsift herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen
Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
amd64	1.0.2-10	96,6 kB	364,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	1.0.2-10+b1	88,9 kB	465,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	1.0.2-10	87,6 kB	326,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	1.0.2-10	87,5 kB	278,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	1.0.2-10	106,3 kB	410,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	1.0.2-10	83,3 kB	479,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	1.0.2-10	98,0 kB	464,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	1.0.2-10	95,9 kB	316,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	1.0.2-10	90,7 kB	364,0 kB	[Liste der Dateien]