Paket: r-bioc-shortread (1.60.0-2 und andere)

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Betreuer:

Externe Ressourcen:

Homepage [bioconductor.org]

GNU R classes and methods for high-throughput short-read sequencing data

This BioConductor module is a package for input, quality assessment, manipulation and output of high-throughput sequencing data. ShortRead is provided in the R and Bioconductor environments, allowing ready access to additional facilities for advanced statistical analysis, data transformation, visualization and integration with diverse genomic resources.

Andere Pakete mit Bezug zu r-bioc-shortread

hängt ab von

empfiehlt

schlägt vor

erweitert

dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

dep: libc6 (>= 2.7) [hppa, m68k, mips64el, ppc64, s390x, sparc64]
dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.7) [alpha]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nicht hppa, ia64, m68k, sparc64]

GCC Support-Bibliothek

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]
dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

GCC Support-Bibliothek
dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [sparc64]

Paket nicht verfügbar
dep: libgcc2 (>= 4.2.1) [m68k]

Paket nicht verfügbar
dep: libgomp1 (>= 4.2.1) [m68k, sparc64]

Unterstützungsbibliothek für GCC OpenMP (GOMP)
dep: libstdc++6 (>= 11) [nicht m68k, sparc64]

GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

dep: libstdc++6 (>= 5.2) [m68k, sparc64]
dep: libunwind8 [ia64]

Bibliothek zur Ermittlung der Aufrufkette eines Programms - Laufzeit
dep: r-api-3.4 [m68k]

Paket nicht verfügbar
dep: r-api-3.5 [sparc64]

Paket nicht verfügbar
dep: r-api-4.0 [nicht m68k, sparc64]

virtuelles Paket, bereitgestellt durch r-base-core
dep: r-api-bioc-3.16 [x32]

Paket nicht verfügbar
dep: r-api-bioc-3.18 [nicht m68k, sparc64, x32]

virtuelles Paket, bereitgestellt durch r-bioc-biocgenerics
dep: r-api-bioc-3.8 [sparc64]

Paket nicht verfügbar
dep: r-base-core (>= 3.4.3-1) [m68k]

GNU R - System für statistische Berechnungen und Grafik - Kern

dep: r-base-core (>= 3.5.2-1) [sparc64]

dep: r-base-core (>= 4.2.2.20221110-1) [x32]
dep: r-bioc-biobase

base functions for Bioconductor
dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.23.3)

generic functions for Bioconductor
dep: r-bioc-biocparallel

BioConductor facilities for parallel evaluation
dep: r-bioc-biostrings (>= 2.37.1) [m68k]

GNU R string objects representing biological sequences

dep: r-bioc-biostrings (>= 2.47.6) [nicht m68k]
dep: r-bioc-genomeinfodb (>= 1.1.19) [m68k]

BioConductor utilities for manipulating chromosome identifiers

dep: r-bioc-genomeinfodb (>= 1.15.2) [nicht m68k]
dep: r-bioc-genomicalignments (>= 1.15.6) [nicht m68k]

BioConductor representation and manipulation of short genomic alignments

dep: r-bioc-genomicalignments (>= 1.5.4) [m68k]
dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.21.6) [m68k]

BioConductor representation and manipulation of genomic intervals

dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.31.8) [nicht m68k]
dep: r-bioc-iranges (>= 2.13.12) [nicht m68k]

GNU R low-level containers for storing sets of integer ranges

dep: r-bioc-iranges (>= 2.3.7) [m68k]
dep: r-bioc-rhtslib [nicht m68k, sparc64]

HTSlib high-throughput sequencing library as GNU R package
dep: r-bioc-rsamtools (>= 1.21.4) [m68k]

GNU R binary alignment (BAM), variant call (BCF), or tabix file import

dep: r-bioc-rsamtools (>= 1.31.2) [nicht m68k]
dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.13.8) [m68k]

BioConductor S4 implementation of vectors and lists

dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.17.25) [nicht m68k]
dep: r-bioc-xvector [nicht m68k, sparc64]

BioConductor representation and manpulation of external sequences
dep: r-bioc-zlibbioc [nicht m68k, sparc64]

(Virtual) zlibbioc Bioconductor package
dep: r-cran-hwriter

HTML Writer - Outputs R objects in HTML format
dep: r-cran-lattice

GNU-R-Paket für »Trellis«-Grafiken
dep: r-cran-latticeextra

GNU R package of additional graphical displays based on lattice
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

rec: r-cran-runit

GNU-R-Paket, das ein Programmiergerüst für Komponententests bereitstellt

sug: r-bioc-biocstyle [nicht m68k, sparc64]

standard styles for vignettes and other Bioconductor documents
sug: r-bioc-biomart

GNU R Interface to BioMart databases (Ensembl, COSMIC, Wormbase and Gramene)
sug: r-bioc-genomicfeatures

GNU R tools for making and manipulating transcript centric annotations
sug: r-cran-runit [nicht sparc64]

GNU-R-Paket, das ein Programmiergerüst für Komponententests bereitstellt

r-bioc-shortread herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen
Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
alpha (inoffizielle Portierung)	1.60.0-2	5.065,2 kB	7.559,0 kB	[Liste der Dateien]
amd64	1.60.0-2	5.068,8 kB	7.507,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	1.60.0-2	5.063,6 kB	7.557,0 kB	[Liste der Dateien]
hppa (inoffizielle Portierung)	1.60.0-2	5.064,8 kB	7.527,0 kB	[Liste der Dateien]
ia64 (inoffizielle Portierung)	1.60.0-2	5.072,7 kB	7.620,0 kB	[Liste der Dateien]
m68k (inoffizielle Portierung)	1.36.0-1	4.189,1 kB	6.069,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	1.60.0-2	5.058,1 kB	7.571,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64 (inoffizielle Portierung)	1.60.0-2	5.070,7 kB	7.626,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	1.60.0-2	5.069,7 kB	7.621,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	1.60.0-2	5.066,5 kB	7.491,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	1.60.0-2	5.067,5 kB	7.521,0 kB	[Liste der Dateien]
sh4 (inoffizielle Portierung)	1.60.0-2	5.066,6 kB	7.494,0 kB	[Liste der Dateien]
sparc64 (inoffizielle Portierung)	1.40.0-1	4.896,8 kB	7.343,0 kB	[Liste der Dateien]
x32 (inoffizielle Portierung)	1.56.1-1	5.043,0 kB	7.479,0 kB	[Liste der Dateien]