Paket: anfo (0.98-9) [debports]

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Homepage [bioinf.eva.mpg.de]

Alignments/Abbildungen kurzer DNA-Sequenzen, von MPG

Anfo ist ein Mapper in der Art von Soap/Maq/Bowtie, aber die Implementierung ähnelt eher BLAST/BLAT. Anful ist für Alignments sequenzierter Reads (kurze DNA-Sequenzen) am nützlichsten, wenn die DNA-Sequenz irgendwie verändert wurde (etwa sehr alte DNA oder Bisulfit-Behandlung) und/oder wenn es zwischen Probe und Referenz mehr Abweichungen gibt, als schnelle Mapper problemlos vertragen (etwa wenn das Referenzgenom fehlt und stattdessen eine verwandte Spezies benutzt wird).

Andere Pakete mit Bezug zu anfo

hängt ab von

empfiehlt

schlägt vor

erweitert

dep: libanfo0 (>= 0.98)

Library for Short Read Aligner/Mapper from MPG
dep: libc6 (>= 2.29)

GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb
dep: libelk0

implementation of Scheme (the Extension Language Kit)
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1)

GCC Support-Bibliothek
dep: libpopt0 (>= 1.14)

Bibliothek zum Auswerten von Befehlszeilen-Parametern
dep: libprotobuf23 (>= 3.12.4)

C++-Bibliothek für Protocol Buffers
dep: libstdc++6 (>= 9)

GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

anfo herunterladen

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Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
m68k (inoffizielle Portierung)	113,7 kB	405,0 kB	[Liste der Dateien]