[ Quellcode: ragout ]
Paket: ragout (2.3-2 und andere)
Links für ragout
Debian-Ressourcen:
Quellcode-Paket ragout herunterladen:
Betreuer:
Externe Ressourcen:
- Homepage [github.com]
Ähnliche Pakete:
Reference-Assisted Genome Ordering UTility
Ragout (Reference-Assisted Genome Ordering UTility) is a tool for chromosome-level scaffolding using multiple references. Given initial assembly fragments (contigs/scaffolds) and one or multiple related references (complete or draft), it produces a chromosome-scale assembly (as a set of scaffolds).
The approach is based on the analysis of genome rearrangements (like inversions or chromosomal translocations) between the input genomes and reconstructing the most parsimonious structure of the target genome.
Ragout now supports both small and large genomes (of mammalian scale and complexity). The assembly of highly polymorphic genomes is currently limited.
Andere Pakete mit Bezug zu ragout
|
|
|
|
-
- dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]
- GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]
- dep: libc6 (>= 2.4) [nicht amd64, arm64, ppc64el]
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nicht armel, armhf, i386, mipsel]
- GCC Support-Bibliothek
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
- dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]
-
- dep: libstdc++6 (>= 5.2) [armel, armhf]
- GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)
- dep: libstdc++6 (>= 9) [nicht armel, armhf]
-
- dep: python3
- Interaktive objektorientierte Hochsprache (Python3-Standardversion)
-
- dep: python3-networkx (>= 2.2)
- Werkzeug zum Erstellen, Manipulieren und Studieren komplexer Netzwerke (Python 3)
-
- rec: sibelia
- comparative genomics tool
ragout herunterladen
| Architektur | Version | Paketgröße | Größe (installiert) | Dateien |
|---|---|---|---|---|
| amd64 | 2.3-2+b1 | 2.074,3 kB | 9.683,0 kB | [Liste der Dateien] |
| arm64 | 2.3-2+b1 | 2.068,8 kB | 9.655,0 kB | [Liste der Dateien] |
| armel | 2.3-2+b1 | 2.069,2 kB | 9.649,0 kB | [Liste der Dateien] |
| armhf | 2.3-2+b1 | 2.068,4 kB | 9.613,0 kB | [Liste der Dateien] |
| i386 | 2.3-2+b1 | 2.085,8 kB | 9.689,0 kB | [Liste der Dateien] |
| mips64el | 2.3-2+b1 | 2.079,0 kB | 9.721,0 kB | [Liste der Dateien] |
| mipsel | 2.3-2+b1 | 2.079,0 kB | 9.718,0 kB | [Liste der Dateien] |
| ppc64el | 2.3-2+b1 | 2.084,3 kB | 9.823,0 kB | [Liste der Dateien] |
| s390x | 2.3-2+b1 | 2.071,4 kB | 9.687,0 kB | [Liste der Dateien] |