Paket: pizzly (0.37.3+ds-5)

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Homepage [github.com]

Identifies gene fusions in RNA sequencing data

For the interpretation of the transcriptome (the abundance and sequence of RNA) of tomour cells one is particularly interested in transcripts that cannot be mapped to single genes but that are seen to be fused as parts from two genes. Likely eplanations are chromosomal translocations.

Pizzly can identify novel such peculiarities, building on interpretations on variable splicing by the tool kallisto. Both tools are elements of the bcbio workflow.

Andere Pakete mit Bezug zu pizzly

hängt ab von

empfiehlt

schlägt vor

erweitert

dep: kallisto

near-optimal RNA-Seq quantification
dep: libc6 (>= 2.29) [nicht armel]

GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.30) [armel]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nicht armel, armhf, i386, mipsel]

GCC Support-Bibliothek

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]
dep: libstdc++6 (>= 10.2) [armel]

GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

dep: libstdc++6 (>= 7) [armhf]

dep: libstdc++6 (>= 9) [nicht armel, armhf]
dep: python3

Interaktive objektorientierte Hochsprache (Python3-Standardversion)
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

rec: python3-h5py

general-purpose Python interface to hdf5

pizzly herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen
Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
amd64	287,4 kB	876,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	251,7 kB	808,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	240,5 kB	763,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	251,0 kB	591,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	296,3 kB	883,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	245,9 kB	962,0 kB	[Liste der Dateien]
mipsel	250,7 kB	940,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	282,7 kB	988,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	249,6 kB	876,0 kB	[Liste der Dateien]