Paquet : pizzly (0.37.3+ds-5)

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Paquets similaires :

identification de fusions de gènes dans des données de séquençage d’ARN

For the interpretation of the transcriptome (the abundance and sequence of RNA) of tomour cells one is particularly interested in transcripts that cannot be mapped to single genes but that are seen to be fused as parts from two genes. Likely eplanations are chromosomal translocations.

Pizzly can identify novel such peculiarities, building on interpretations on variable splicing by the tool kallisto. Both tools are elements of the bcbio workflow.

Autres paquets associés à pizzly

dépendances

recommandations

suggestions

enhances

dep: kallisto

quantification RNA-seq presque optimale
dep: libc6 (>= 2.29) [non armel]

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.30) [armel]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [non armel, armhf, i386, mipsel]

bibliothèque de prise en charge de GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]
dep: libstdc++6 (>= 10.2) [armel]

bibliothèque standard C++ de GNU v3

dep: libstdc++6 (>= 7) [armhf]

dep: libstdc++6 (>= 9) [non armel, armhf]
dep: python3

langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

Bibliothèque de compression - binaires

rec: python3-h5py

general-purpose Python interface to hdf5

Télécharger pizzly

Télécharger pour toutes les architectures proposées
Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	287,4 ko	876,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	251,7 ko	808,0 ko	[liste des fichiers]
armel	240,5 ko	763,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	251,0 ko	591,0 ko	[liste des fichiers]
i386	296,3 ko	883,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	245,9 ko	962,0 ko	[liste des fichiers]
mipsel	250,7 ko	940,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	282,7 ko	988,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	249,6 ko	876,0 ko	[liste des fichiers]