Paket: khmer (2.1.2+dfsg-8)

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Homepage [khmer.readthedocs.org]

in-memory DNA sequence kmer counting, filtering & graph traversal

khmer is a library and suite of command line tools for working with DNA sequence. It is primarily aimed at short-read sequencing data such as that produced by the Illumina platform. khmer takes a k-mer-centric approach to sequence analysis, hence the name.

Markierungen: Biologie: Fasta/Pearson, Nukleinsäuren, Feld: field::biology, field::biology:bioinformatics, Implementiert in: implemented-in::c++, implemented-in::python, Benutzer-Schnittstellen: Kommandozeile, Rolle: role::program, use::analysing, Zweck: Vergleichen, Filtern

Andere Pakete mit Bezug zu khmer

hängt ab von

empfiehlt

schlägt vor

erweitert

dep: cython3 (>= 0.26.1)

C-Erweiterungen für Python 3
dep: khmer-common

common files for the khmer project tools
dep: libbz2-1.0

Hochwertiger, Blöcke sortierender Dateikomprimierer - Laufzeitbibliothek
dep: libc6 (>= 2.29)

GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [arm64]

GCC Support-Bibliothek

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [amd64]
dep: libgomp1 (>= 4.9)

Unterstützungsbibliothek für GCC OpenMP (GOMP)
dep: libstdc++6 (>= 5.2)

GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)
dep: python3

Interaktive objektorientierte Hochsprache (Python3-Standardversion)

dep: python3 (<< 3.10)

dep: python3 (>= 3.9~)
dep: python3-bz2file

Python3 library for reading and writing bzip2-compressed files
dep: python3-screed (>= 1.0)

short nucleotide read sequence utils in Python 3
dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.4)

Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

khmer herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen
Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
amd64	6.586,5 kB	29.785,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	6.491,9 kB	29.482,0 kB	[Liste der Dateien]