Paket: canu (2.0+dfsg-1)

Links für canu

Debian-Ressourcen:

Quellcode-Paket canu herunterladen:

Betreuer:

Debian Med Packaging Team (QS-Seite, E-Mail-Archiv)

Externe Ressourcen:

Homepage [canu.readthedocs.org]

single molecule sequence assembler for genomes

Canu is a fork of the Celera Assembler, designed for high-noise single-molecule sequencing (such as the PacBio RS II or Oxford Nanopore MinION).

Canu is a hierarchical assembly pipeline which runs in four steps:

 * Detect overlaps in high-noise sequences using MHAP
 * Generate corrected sequence consensus
 * Trim corrected sequences
 * Assemble trimmed corrected sequences

Andere Pakete mit Bezug zu canu

hängt ab von

empfiehlt

schlägt vor

erweitert

dep: gnuplot

Kommandozeilengesteuertes, interaktives Plot-Programm
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11
dep: libc6 (>= 2.29)

GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb
dep: libfilesys-df-perl

Modul zur Gewinnung von Informationen zur Plattennutzung von Dateisystemen
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nicht armel, armhf, i386, mipsel]

GCC Support-Bibliothek

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]
dep: libgomp1 (>= 6)

Unterstützungsbibliothek für GCC OpenMP (GOMP)
dep: libstdc++6 (>= 5.2)

GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)
dep: mhap (>= 2.1.3)

locality-sensitive hashing to detect long-read overlaps
dep: perl

Larry Wall's Practical Extraction und Report Language

sug: nanopolish

consensus caller for nanopore sequencing data
sug: pbgenomicconsensus

Paket nicht verfügbar

canu herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen
Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
amd64	1.226,6 kB	9.210,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	1.100,2 kB	8.667,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	1.075,7 kB	8.521,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	1.101,1 kB	6.673,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	1.352,2 kB	10.418,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	1.342,8 kB	12.314,0 kB	[Liste der Dateien]
mipsel	1.386,0 kB	11.249,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	1.218,4 kB	12.366,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	1.072,7 kB	9.029,0 kB	[Liste der Dateien]