Paket: abyss (2.2.5+dfsg-1)

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Paralleler De-novo-Sequenzassembler für »short reads«

ABySS ist ein paralleler De-novo-Sequenzassembler, der für short reads ausgelegt ist. Er kann verwendet werden, um Genom- oder Transkriptomsequenzdaten zusammenzustellen. Die Parallelisierung erfolgt über MPI, OpenMP und pthread.

Markierungen: Feld: Biologie, Implementiert in: C, Benutzer-Schnittstellen: Kommandozeile, Rolle: Programm

Andere Pakete mit Bezug zu abyss

hängt ab von

empfiehlt

schlägt vor

erweitert

dep: bsdextrautils

Zusätzliche Dienstprogramme von 4.4BSD-Lite
dep: libc6 (>= 2.29)

GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, s390x]

GCC Support-Bibliothek

dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64el]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]
dep: libgomp1 (>= 4.9)

Unterstützungsbibliothek für GCC OpenMP (GOMP)
dep: libopenmpi3 (>= 4.0.5)

Leistungsstarke Message-Passing-Bibliothek - Laufzeitbibliotheken
dep: libsqlite3-0 (>= 3.5.9)

Laufzeit-Bibliothek für SQLite 3
dep: libstdc++6 (>= 5.2) [armel, armhf]

GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

dep: libstdc++6 (>= 9) [nicht armel, armhf]
dep: make

Werkzeug zur Steuerung der Kompilierung
dep: openmpi-bin

Leistungsstarke Message-Passing-Bibliothek - Programmdateien
dep: openmpi-common

Leistungsstarke Message-Passing-Bibliothek - gemeinsame Dateien
dep: perl

Larry Wall's Practical Extraction und Report Language

abyss herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen
Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
amd64	2.939,3 kB	9.045,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	2.764,0 kB	8.373,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	2.752,4 kB	8.369,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	2.798,8 kB	6.741,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	3.029,7 kB	9.589,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	2.868,5 kB	10.460,0 kB	[Liste der Dateien]
mipsel	2.897,2 kB	10.313,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	2.895,8 kB	11.637,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	2.755,5 kB	9.053,0 kB	[Liste der Dateien]