Paket: abyss (2.3.7-3 und andere)

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Paralleler De-novo-Sequenzassembler für »short reads«

ABySS ist ein paralleler De-novo-Sequenzassembler, der für short reads ausgelegt ist. Er kann verwendet werden, um Genom- oder Transkriptomsequenzdaten zusammenzustellen. Die Parallelisierung erfolgt über MPI, OpenMP und pthread.

Markierungen: Feld: Biologie, Implementiert in: C, Benutzer-Schnittstellen: Kommandozeile, Rolle: Programm

Andere Pakete mit Bezug zu abyss

hängt ab von

empfiehlt

schlägt vor

erweitert

dep: bsdextrautils [nicht hppa, sparc64]

Zusätzliche Dienstprogramme von 4.4BSD-Lite
dep: bsdmainutils [hppa, sparc64]

Übergangspaket für weitere FreeBSD-Dienstprogramme
dep: libc6 (>= 2.11) [hppa]

GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.29) [sparc64]

dep: libc6 (>= 2.32) [m68k, sh4]

dep: libc6 (>= 2.34) [nicht alpha, hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64]
dep: libc6.1 (>= 2.33) [alpha]

GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.35) [ia64]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, x32]

GCC Support-Bibliothek

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64]

dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64, ppc64el]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, sh4]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

GCC Support-Bibliothek
dep: libgcc1 (>= 1:4.3) [sparc64]

Paket nicht verfügbar
dep: libgcc4 (>= 4.1.1) [hppa]

Paket nicht verfügbar
dep: libgomp1 (>= 4.9)

Unterstützungsbibliothek für GCC OpenMP (GOMP)
dep: libopenmpi3 [sparc64]

Leistungsstarke Message-Passing-Bibliothek - Laufzeitbibliotheken

dep: libopenmpi3 (>= 4.1.2~rc1) [m68k, sh4]

dep: libopenmpi3 (>= 4.1.4) [alpha, ia64, x32]
dep: libopenmpi3t64 (>= 4.1.6) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, riscv64]

Leistungsstarke Message-Passing-Bibliothek - Laufzeitbibliotheken
dep: libsqlite3-0 (>= 3.5.9)

Laufzeit-Bibliothek für SQLite 3
dep: libstdc++6 (>= 11) [m68k, sh4]

GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

dep: libstdc++6 (>= 12) [alpha, ia64, x32]

dep: libstdc++6 (>= 13.1) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, riscv64]

dep: libstdc++6 (>= 5.2) [hppa]

dep: libstdc++6 (>= 9) [sparc64]
dep: libunwind8 [ia64]

Bibliothek zur Ermittlung der Aufrufkette eines Programms - Laufzeit
dep: make

Werkzeug zur Steuerung der Kompilierung
dep: openmpi-bin [nicht hppa]

Leistungsstarke Message-Passing-Bibliothek - Programmdateien
dep: openmpi-common [nicht hppa]

Leistungsstarke Message-Passing-Bibliothek - gemeinsame Dateien
dep: perl

Larry Wall's Practical Extraction und Report Language

sug: openmpi-bin

Leistungsstarke Message-Passing-Bibliothek - Programmdateien

abyss herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen
Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
alpha (inoffizielle Portierung)	2.3.5+dfsg-2	3.091,4 kB	12.135,0 kB	[Liste der Dateien]
amd64	2.3.7-3+b1	3.188,0 kB	9.900,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	2.3.7-3+b1	2.960,1 kB	10.548,0 kB	[Liste der Dateien]
hppa (inoffizielle Portierung)	2.1.0-1	2.719,4 kB	9.671,0 kB	[Liste der Dateien]
ia64 (inoffizielle Portierung)	2.3.5+dfsg-2	3.493,2 kB	17.029,0 kB	[Liste der Dateien]
m68k (inoffizielle Portierung)	2.3.3-2	3.040,2 kB	9.799,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	2.3.7-3+b1	3.074,6 kB	12.772,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64 (inoffizielle Portierung)	2.3.7-3+b1	3.101,8 kB	12.984,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	2.3.7-3+b1	3.123,3 kB	12.532,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	2.3.7-3+b1	3.141,5 kB	8.296,0 kB	[Liste der Dateien]
sh4 (inoffizielle Portierung)	2.3.3-2	3.276,4 kB	9.167,0 kB	[Liste der Dateien]
sparc64 (inoffizielle Portierung)	2.2.2-1	2.718,5 kB	9.131,0 kB	[Liste der Dateien]
x32 (inoffizielle Portierung)	2.3.5+dfsg-2	3.104,9 kB	8.946,0 kB	[Liste der Dateien]