Paket: jellyfish (2.3.0-10)
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Betreuer:
- Debian Med Packaging Team (QS-Seite, E-Mail-Archiv)
- Shaun Jackman (QS-Seite)
- Andreas Tille (QS-Seite)
- Michael R. Crusoe (QS-Seite)
Externe Ressourcen:
- Homepage [www.cbcb.umd.edu]
Ähnliche Pakete:
Zählt k-mere in DNA-Sequenzen
JELLYFISH ist ein Werkzeug für schnelles, speichereffizientes Zählen von k-meren in DNA. Ein k-mer ist ein Substring der Länge k. Die Vorkommen aller solcher Substrings zu zählen ist ein zentraler Schritt in vielen Analysen von DNA-Sequenzen. JELLYFISH kann k-mere mit einer Größenordnung weniger Speicher und einer Größenordnung schneller als andere Pakete zählen. Dies ist durch eine effiziente Kodierung einer Hashtabelle und durch Ausnutzung der CPU-Anweisung »Compare-and-Swap« für eine erhöhte Parallelisierung möglich.
JELLYFISH ist ein Befehlszeilenprogramm, das FASTA- und multi-FASTA-Dateien bestehend aus DNA-Sequenzen liest. Die Zählung der k-mere wird in einem Binärformat ausgegeben, das mit dem Befehl »jellyfish dump« in ein menschenlesbares Textformat übersetzt werden kann.
Andere Pakete mit Bezug zu jellyfish
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- dep: libc6 (>= 2.29)
- GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb
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- dep: libgcc-s1 (>= 3.0)
- GCC Support-Bibliothek
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- dep: libhts3 (>= 1.10)
- C-Bibliothek für Hochdurchsatz-Sequenzierungsdatenformate
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- dep: libjellyfish-2.0-2 (= 2.3.0-10)
- count k-mers in DNA sequences (dynamic library of jellyfish)
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- dep: libstdc++6 (>= 9)
- GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)
jellyfish herunterladen
| Architektur | Paketgröße | Größe (installiert) | Dateien |
|---|---|---|---|
| ppc64el | 739,1 kB | 2.957,0 kB | [Liste der Dateien] |