Paket: gbrowse (2.56+dfsg-8)

Links für gbrowse

Debian-Ressourcen:

Quellcode-Paket gbrowse herunterladen:

Betreuer:

Debian Med Packaging Team (QS-Seite, E-Mail-Archiv)
Olivier Sallou (QS-Seite)
Charles Plessy (QS-Seite)
Aaron M. Ucko (QS-Seite)
Andreas Tille (QS-Seite)

Externe Ressourcen:

Homepage [gmod.org]

GMODs Generic Genome Browser

Generic Genome Browser ist ein einfacher aber stark konfigurierbarer webbasierter Genombrowser. Er ist eine Komponente des Projekts Generic Model Organism Systems Database (GMOD). Einige der Merkmale:

 * simultane Vogelperspektive und detaillierte Ansicht des Genoms;
 * scrollen, zoomen, zentrieren;
 * beliebige URLs zu jeder Annotation anhängen;
 * anpassbare Reihenfolge und Aussehen der »Tracks« durch Administrator
   und Benutzer;
 * Suchen nach ID, Name oder Kommentar der Annotation;
 * unterstützt Annotationen Dritter über das Format GFF;
 * beibehalten der Einstellungen über Sitzungen hinaus;
 * DNA- und GFF-Exporte;
 * Verbindung zu verschiedenen Datenbanken, inklusive BioSQL und Chado;
 * unterstützt mehrere Sprachen;
 * laden von Merkmalen aus Erweiterungen;
 * anpassbare Erweiterungsarchitektur (z.B. BLAST laufen lassen, viele
   Formate exportieren und importieren, Oligonukleotide finden, Primer
   erstellen, Restriktionskarten erstellen, Merkmale bearbeiten).

Markierungen: Feld: Biologie, Bioinformatik, Implementiert in: implemented-in::perl, interface::web, Rolle: Programm, Zweck: Analyse, use::viewing, web::application, World Wide Web: CGI

Andere Pakete mit Bezug zu gbrowse

hängt ab von

empfiehlt

schlägt vor

erweitert

dep: apache2

HTTP-Server Apache

oder httpd-cgi

virtuelles Paket, bereitgestellt durch apache2, lighttpd, mini-httpd, nginx-core, nginx-extras, nginx-full, nginx-light, ocsigenserver, tntnet, yaws
dep: bioperl

Perl-Werkzeuge für bioinformatische Anwendungen
dep: libbio-coordinate-perl

BioPerl modules for working with biological coordinates
dep: libbio-db-seqfeature-perl

Normalized feature for use with Bio::DB::SeqFeature::Store
dep: libbio-graphics-perl

Generate GD images of Bio::Seq objects
dep: libcgi-session-perl

Persistente Sitzungsdaten in CGI-Anwendungen
dep: libdbd-sqlite3-perl

Perl-DBI-Treiber mit einem eigenständigen RDBMS
dep: libgd-gd2-noxpm-perl

virtuelles Paket, bereitgestellt durch libgd-perl

oder libgd-gd2-perl

virtuelles Paket, bereitgestellt durch libgd-perl
dep: libhttp-daemon-perl

Einfache Klasse für HTTP-Server
dep: libio-string-perl

Emuliert die IO::File-Schnittstelle für »in-core«-Zeichenketten
dep: libjs-prototype

JavaScript-Gerüst für dynamische Webanwendungen
dep: libjs-scriptaculous

JavaScript-Bibliothek für dynamische Webanwendungen
dep: libjson-perl

Modul für die Handhabung von Daten im JSON-Format
dep: libstatistics-descriptive-perl

Perl-Modul für grundlegende Funktionen der beschreibenden Statistik
dep: libterm-readkey-perl

Perl-Modul für einfache Terminalsteuerung
dep: libvm-ec2-perl

module providing controls on Amazon EC2 and Eucalyptus
dep: libwww-perl

Einfache und konsistente Schnittstelle zum World Wide Web
dep: lsb-base

Linux Standard Base - Funktionalität für Init-Skripte
dep: perl

Larry Wall's Practical Extraction und Report Language
dep: sqlite3

Befehlszeilenoberfläche für SQLite 3

rec: apache2 (>= 2.4.6-4~)

HTTP-Server Apache

oder httpd

virtuelles Paket, bereitgestellt durch apache2, lighttpd, micro-httpd, mini-httpd, nginx-core, nginx-extras, nginx-full, nginx-light, ocsigenserver, tntnet, webfs, yaws

sug: gbrowse-calign

CAlign helper
sug: gbrowse-data

Sample data to use GBrowse
sug: libfile-nfslock-perl

perl module to do NFS (or not) locking

gbrowse herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen
Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
all	2.318,3 kB	7.018,0 kB	[Liste der Dateien]