Paket: med-cloud (3.7)

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Debian Med - Bioinformatikanwendungen für Cloud Computing

Dieses Metapaket wird Debian-Pakete mit Bezug zu Molekularbiologie, Strukturbiologie und Bioinformatik für den Einsatz in den Biowissenschaften installieren, die nicht von grafischen Werkzeugsätzen abhängen. Dadurch können diese Pakete in Cloud-Computing-Clustern verwendet werden, auf denen der Speicherplatz limitiert sein kann.

Markierungen: Feld: Molekularbiologie, Rolle: Meta-Paket

Andere Pakete mit Bezug zu med-cloud

hängt ab von

empfiehlt

schlägt vor

erweitert

dep: med-config (= 3.7)

Debian Med - allgemeines Konfigurationspaket
dep: med-tasks (= 3.7)

Debian Med - Aufgabenprofile für tasksel

rec: abyss

Paralleler De-novo-Sequenzassembler für »short reads«
rec: acedb-other

Abrufen von DNA- oder Proteinsequenzen
rec: aevol

Digitales genetisches Modell zur Durchführung von Evolutionsexperimenten in silico
rec: alien-hunter

Interpolated Variable Order Motifs zur Identifizierung horizontal erhaltener DNA
rec: altree

Programm zur Phylogenie-basierten Assoziations- und Lokalisierungsanalyse
rec: amap-align

Protein multiple alignment by sequence annealing
rec: ampliconnoise

removal of noise from 454 sequenced PCR amplicons
rec: anfo

Alignments/Abbildungen kurzer DNA-Sequenzen, von MPG
rec: aragorn

tRNA- und tmRNA-Nachweis in Nukleotidsequenzen
rec: arden

Genaue Kontrolle für das Lesen von Alignierungen unter Verwendung einer künstlichen Intelligenz
rec: autodock

Analyse der Ligandenbindung von Proteinstrukturen
rec: autodock-vina

Docking kleiner Moleküle an Proteine
rec: autogrid

Vorberechnung der Bindung von Liganden an ihren Rezeptor
rec: bamtools

toolkit for manipulating BAM (genome alignment) files
rec: bedtools

Hilfswerkzeugsammlung zum Vergleich genomischer Merkmale
rec: bioperl

Perl-Werkzeuge für bioinformatische Anwendungen
rec: bioperl-run

BioPerl-Hüllen: Skripte
rec: biosquid

Hilfsprogramme für die biologische Sequenzanalyse
rec: bowtie

Ultraschnelles und speichersparendes Alignmentprogramm für kurze DNA-Sequenzen
rec: bowtie2

Ultraschnelles und speichersparendes Alignmentprogramm für kurze DNA-Sequenzen
rec: boxshade

Pretty-printing von multiplen Sequenzalignments
rec: bwa

Burrows-Wheeler Aligner
rec: cassiopee

index and search tool in genomic sequences
rec: cd-hit

Programme zur schnellen Gruppierung von Sequenzen
rec: cdbfasta

CDB-Werkzeuge zur Indizierung und Abfrage für multi-FASTA-Dateien
rec: circos

Kurvenzeichner (Plotter) zur Datenvisualisierung
rec: clearcut

extremely efficient phylogenetic tree reconstruction
rec: clonalframe

inference of bacterial microevolution using multilocus sequence data
rec: clustalo

General-purpose multiple sequence alignment program for proteins
rec: clustalw

Globale multiple Alignments von Nukleotid- oder Peptidsequenzen
rec: concavity

Vorhersage von Proteinliganden-Bindungsstellen mittels Struktur und Konservierung
rec: conservation-code

Werkzeug zur Bewertung von Proteinsequenz-Konservierung
rec: datamash

statistics tool for command-line interface
rec: dialign

Segmentbasiertes multiples Sequenzalignment
rec: dialign-tx

Segmentbasiertes multiples Sequenzalignment
rec: discosnp

discovering Single Nucleotide Polymorphism from raw set(s) of reads
rec: disulfinder

Vorhersage der Disulfidbindungen von Cysteinen und deren Verbindungsfähigkeit
rec: dnaclust

tool for clustering millions of short DNA sequences
rec: dssp

protein secondary structure assignment based on 3D structure
rec: embassy-domainatrix

Zusätzliche EMBOSS-Kommandos zur Arbeit mit Domänen-Klassendateien
rec: embassy-domalign

Zusätzliche EMBOSS-Befehle für Alignments mit Proteindomänen
rec: embassy-domsearch

Zusätzliche EMBOSS-Befehle zur Suche von Proteindomänen
rec: emboss

Europäische, quelloffene Software-Suite für Molekularbiologie
rec: exonerate

Generisches Werkzeug zum paarweisen Sequenzvergleich
rec: fastdnaml

Werkzeug zum Aufbau phylogenetischer Bäume von DNA-Sequenzen
rec: fastlink

Schnellere Version der Stammbaum-Programme von Linkage
rec: fastqc

quality control for high throughput sequence data
rec: fasttree

phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences
rec: fitgcp

fitting genome coverage distributions with mixture models
rec: flexbar

flexible barcode and adapter removal for sequencing platforms
rec: freecontact

fast protein contact predictor
rec: gasic

genome abundance similarity correction
rec: genometools

Vielseitiger Werkzeugsatz für Genomanalysen
rec: gff2aplot

pair-wise alignment-plots for genomic sequences in PostScript
rec: gff2ps

Erstellt PostScript-Grafiken aus GFF-Dateien
rec: glam2

Unterbrochene Protein-Motive aus ungeordneten Sequenzen
rec: gmap

spliced and SNP-tolerant alignment for mRNA and short reads
rec: grinder

Vielseitige Simulation von -omik-Shotgun und -Amplikonsquenzierungen
rec: gromacs

Simulator für Moleküldynamik, Werkzeuge für das Erstellen der Modelle und deren Analyse
rec: hhsuite

Sensible Proteinsequenzsuchen, basierend auf HMM-HMM-Alignment
rec: hisat2

graph-based alignment of short nucleotide reads to many genomes
rec: hmmer

Profil-Hidden-Markov-Modelle für Protein-Sequenzanalyse
rec: idba

iterative De Bruijn Graph short read assemblers
rec: infernal

Rückschluss auf Alignments der RNA-Sekundärstruktur
rec: jellyfish

Zählt k-mere in DNA-Sequenzen
rec: kalign

Globales und fortschreitendes multiples Sequenzalignment
rec: kissplice

Detection of various kinds of polymorphisms in RNA-seq data
rec: last-align

Vergleich biologischer Sequenzen für Genome
rec: loki

MCMC Linkage-Analyse auf allgemeine Stammbäume
rec: macs

Model-based Analysis of ChIP-Seq on short reads sequencers
rec: mafft

Programm für multiples Alignment von Aminosäure- oder Nukleotidsequenzen
rec: mapsembler2

bioinformatics targeted assembly software
rec: maq

Kartiert kurze polymorphe DNA-Sequenzen mit fester Länge auf Referenzsequenzen
rec: melting

Berechnet die Schmelztemperatur eines Nukleinsäure-Doppelhelix
rec: minia

short-read biological sequence assembler
rec: mipe

Werkzeuge zum Speichern von PCR-abgeleiteten Daten
rec: mira-assembler

Whole Genome Shotgun and EST Sequence Assembler
rec: mlv-smile

Findet statistisch signifikante Sequenzmuster
rec: mothur

Sequenzanalysen-Suite zur Forschung an Mikrobiota
rec: mrbayes

Bayessche Inferenz der Phylogenie
rec: mummer

Effizientes Sequenzalignment vollständiger Genome
rec: muscle

Programm zur Ausrichtung mehrerer Proteinsequenzen
rec: mustang

Struktur-Alignment mehrerer Proteine
rec: ncbi-epcr

Tool to test a DNA sequence for the presence of sequence tagged sites
rec: ncbi-tools-bin

NCBI libraries for biology applications (text-based utilities)
rec: ncoils

coiled coil secondary structure prediction
rec: neobio

computes alignments of amino acid and nucleotide sequences
rec: paraclu

Parametric clustering of genomic and transcriptomic features
rec: parsinsert

Parsimonious Insertion of unclassified sequences into phylogenetic trees
rec: pdb2pqr

Preparation of protein structures for electrostatics calculations
rec: perm

efficient mapping of short reads with periodic spaced seeds
rec: phyml

Phylogenetic estimation using Maximum Likelihood
rec: phyutility

simple analyses or modifications on both phylogenetic trees and data matrices
rec: picard-tools

Kommandozeilenwerkzeuge zur Bearbeitung von SAM- und BAM-Dateien
rec: plink

Werkzeugsatz für die Analyse von Zusammenhängen im gesamten Genom
rec: plink1.9

Werkzeugsatz für die Analyse von Zusammenhängen im gesamten Genom
rec: plink2

whole-genome association analysis toolset
rec: poa

Partial Order Alignment for multiple sequence alignment
rec: prank

Probabilistic Alignment Kit for DNA, codon and amino-acid sequences
rec: prime-phylo

bayesian estimation of gene trees taking the species tree into account
rec: primer3

tool to design flanking oligo nucleotides for DNA amplification
rec: probabel

Werkzeugsatz für genomweite Assoziationsanalyse
rec: probcons

PROBabilistic CONSistency-based multiple sequence alignment
rec: proda

Mulitple Alignments von Proteinsequenzen
rec: prodigal

Microbial (bacterial and archaeal) gene finding program
rec: python3-biomaj3-cli

BioMAJ client
rec: python3-biopython

Python-3-Bibliothek für die Bioinformatik
rec: python3-cogent3

Rahmenwerk für genomische Biologie
rec: qiime

Quantitative Insights Into Microbial Ecology
rec: r-bioc-edger

Empirische Analyse von digitalen Genexpressionsdaten mit R
rec: r-bioc-hilbertvis

GNU-R-Paket zur Visualisierung langer Datenvektoren
rec: r-cran-pvclust

Hierarchical Clustering with P-Values via Multiscale Bootstrap
rec: r-cran-qtl

GNU R package for genetic marker linkage analysis
rec: r-cran-vegan

Community Ecology Package for R
rec: r-other-mott-happy.hbrem

GNU R package for fine-mapping complex diseases
rec: raster3d

Werkzeuge zum Erstellen von hochqualitativen Rasterbildern von Proteinen oder anderen Molekülen
rec: readseq

Umwandlung von Sequenzformaten
rec: rnahybrid

Schnelle und effektive Vorhersage von microRNA/Vergleichsmuster-Duplexen
rec: rtax

Classification of sequence reads of 16S ribosomal RNA gene
rec: samtools

processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats
rec: seqan-apps

C++ library for the analysis of biological sequences
rec: sibsim4

Richtet exprimierte RNA-Sequenzen an einer DNA-Vorlage aus
rec: sigma-align

Einfache multiple Alignments nicht-kodierender DNA-Sequenzen
rec: sim4

Werkzeug für Alignments von cDNA mit genomischer DNA
rec: smalt

Sequence Mapping and Alignment Tool
rec: snap

location of genes from DNA sequence with hidden markov model
rec: soapdenovo

short-read assembly method to build de novo draft assembly
rec: soapdenovo2

Assembler, der Reads zu einem de-novo-Entwurf zusammenfügt
rec: squizz

Konverter für genetische Sequenzen und Alignierungen
rec: sra-toolkit

utilities for the NCBI Sequence Read Archive
rec: ssake

Genomische Anwendung, die Millionen sehr kurzer DNA-Sequenzen zusammenführt
rec: staden-io-lib-utils

programs for manipulating DNA sequencing files
rec: t-coffee

Multiple Sequence Alignment
rec: tabix

generic indexer for TAB-delimited genome position files
rec: theseus

Maximum-Likelihood-Überlagerung von Makromolekülen
rec: tigr-glimmer

Generkennung in Genomen von Bakterien und Archaebakterien
rec: tree-puzzle

Rekonstruktion phylogenetischer Bäume durch »Maximum Likelihood«

oder tree-ppuzzle

Parallelisierte Rekonstruktion phylogenetischer Bäume durch »Maximum Likelihood«
rec: vcftools

Collection of tools to work with VCF files
rec: velvet

Assembler für Sequenzen von Nukleinsäuren von sehr kleinen Bruchstücken (»short reads«)
rec: wise

Vergleich biologischer Polymere, wie DNA- und Protein-Sequenzen
rec: zalign

parallel local alignment of biological sequences

sug: bagpipe

Paket nicht verfügbar
sug: blast2

Paket nicht verfügbar
sug: cufflinks

Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq
sug: embassy-phylip

Paket nicht verfügbar
sug: giira

Paket nicht verfügbar

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Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
all	19,8 kB	40,0 kB	[Liste der Dateien]