Paket: bedtools (2.30.0+dfsg-3)

Links für bedtools

Debian-Ressourcen:

Quellcode-Paket bedtools herunterladen:

Betreuer:

Debian Med Packaging Team (QS-Seite, E-Mail-Archiv)
Charles Plessy (QS-Seite)
Andreas Tille (QS-Seite)
Étienne Mollier (QS-Seite)

Externe Ressourcen:

Homepage [github.com]

Hilfswerkzeugsammlung zum Vergleich genomischer Merkmale

Mit den Hilfswerkzeugen BEDTools können gewöhnliche genomische Aufgaben erledigt werden, etwa überlappende Merkmale und Berechnung der Abdeckung. Die Hilfswerkzeuge basieren großteils auf vier weit verbreiteten Dateiformaten: BED, GFF/GTF, VCF und SAM/BAM. Mit den BEDTools können ausgeklügelte Pipelines entwickelt werden, die komplizierte Forschungsfragen beantworten, indem verschiedene BEDTools zusammenarbeiten.

Das Dienstprogramm groupBy wird im Paket filo verteilt.

Markierungen: Feld: Biologie, Bioinformatik, Implementiert in: implemented-in::c++, interface::commandline, Rolle: Programm, Zweck: Suite, Zweck: use::analysing, use::comparing, Daten-Konvertierung, use::filtering, works-with::biological-sequence

Andere Pakete mit Bezug zu bedtools

hängt ab von

empfiehlt

schlägt vor

erweitert

dep: libbz2-1.0

Hochwertiger, Blöcke sortierender Dateikomprimierer - Laufzeitbibliothek
dep: libc6 (>= 2.34)

GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, s390x]

GCC Support-Bibliothek

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [arm64, mips64el, mipsel, ppc64el]

dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]
dep: liblzma5 (>= 5.1.1alpha+20120614)

Bibliothek für das XZ-Kompressionsformat
dep: libstdc++6 (>= 11)

GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)
dep: zlib1g (>= 1:1.2.0)

Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

bedtools herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen
Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
amd64	649,1 kB	2.045,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	567,0 kB	1.877,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	537,4 kB	1.748,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	554,1 kB	1.260,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	717,1 kB	2.292,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	582,2 kB	2.601,0 kB	[Liste der Dateien]
mipsel	601,8 kB	2.488,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	666,0 kB	2.517,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	567,4 kB	2.105,0 kB	[Liste der Dateien]